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RSS订阅原创 测序数据质量的可视化
数据质量可视化的内容是什么？ FASTQ格式包含测序的碱基和每个碱基对应的质量值，举个例子： @id ATGC + 05:I "05:I"解码之后对应的Phred score值为15，20， 25， 40。数据质量的可视化就是生成由这些数值作出的各种plot。例如，每个碱基的质量值分布， 每条序列的平均质量值分布。 FastQC是数据质量可视化的最常用的软件 FastaQC只有数据质量可视化的...
2019-08-26 11:11:44
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原创 Quality control of sequencing data
What is quality control? 质控是从数据删除可辨认错误从而提高数据质量的过程，是拿到数据后的第一步工作。 How critical is quality control? The more unknowns about the genome under study, the more important it is to correct any errors. When al...
2019-08-26 11:10:36
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原创 Phred score
Phred score Phred score Q 用于计算碱基测序错误的可能性Q，计算公式如下： P=10^(-Q/10) 你不需要记住这个公式，有个简单的对应关系，如下： Q Error Accuracy 0 1 in 1 %0 10 1 in 10 90% 20 1 in 100 99% 30 1 in 1000 99.9% 40 i in 10000...
2019-08-23 11:02:20
1895
空空如也
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