Phred score

最新推荐文章于 2024-04-25 17:20:55 发布

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分类专栏： DATA formats

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Phred Score Q是衡量碱基测序错误概率的指标，公式为P=10^(-Q/10)。在FASTQ文件中，碱基质量以Phred Score表示，通常通过ASCII码转换为可打印字符。Sanger Format（Phred33）将Phred Score加33得到ASCII码，如E对应Phred Score 36。而Solexa Format（Phred64）则加64，@表示Phred Score 0。Sanger体系在现今更为常见。

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Phred score

Phred score Q 用于计算碱基测序错误的可能性Q，计算公式如下：

P=10^(-Q/10)

你不需要记住这个公式，有个简单的对应关系，如下：

Q	Error	Accuracy
0	1 in 1	%0
10	1 in 10	90%
20	1 in 100	99%
30	1 in 1000	99.9%
40	i in 10000	99.99%

在FASTQ文件中碱基质量是如何表示的呢？就是用Phred score。来看一个示例，如下:

@NB500922:275:HHJ2HBGXY:1:11101:5162:1032:ATTACNT+ACGCACT 1:N:0:GAATTCGT+TTATGAGT
AAAAACCTGAACATAGGAACATAAANTTTGGATNAAATCTGGTACTGCATGGACTGGAGGGCAGAGGAGTTAGANTCCAGTGGTTTTCTAATTTGGTTTCTGACTTCTGCCAGCCCCCAACCCATTCCTTTCTAAGATTCGAT
+
EEE6EAAEAEEEEEEEAEEEEEEEE#EE/AEEE#EEEEEE/EEEEEE<EE<EEEE/AEE//<EEEEAEEAEEE