Linkage 使用方法总结

@可可老铁

Linkage Mapper使用

软件版本

Linkage mapper2.0 不能与Arcgis10.6一起运行。不仅运行不出结果，而且———
笔者亲历了一轮C盘16G文件瞬间消失，Windows开始界面无法点击，桌面应用全不不见，只剩下了垃圾站和我的电脑（三脸懵逼）。
但是居然自动开机启动的微信等软件都可以打开。应该是没有删除安装在D盘的软件吧。
尝试n种方法无果，只能重装系统。
警示后人！！！！！
后来使用10.2就很顺畅。

全局注意事项

把toolbox放到运行的文件夹下面
用arcCatalog运行，文件不能被其他软件打开
数据要要在同一个投影做坐标系，以m为单位
Linkage mapper toolbox的文件和数据文件都不能过深，如果实在不行，把这个工具放到数据文件下吧。
路径、文件名、属性字段都不能有中文名（这个软件只支持全英文）
ArcInfo许可证不知道是个什么东西，反正我们都是破解版的嘛。Conefor inputs tool也不知道是个什么东西，在toolbox里面没有搜到。

1.Linkage Pathways

输入数据：

1. 生态源地 矢量面。core field name字段名称就可以换一下，换成id_yd。不能用FID或者其他保留字段。
2. 阻力面 栅格，阻力值必须为正值
3. 源地之间的几何距离txt文件，不用文件头。是欧式距离。也可以自动创建。如果你自己创建的话，可以使用邻近分析中的点距离，先计算源地之间的欧氏距离，再删掉重复项，删除文件头。选择的话就选择欧式&成本距离。
4. 项目目录/工具区，不能以数字为开头，不包含空格。
5. step2里面的红框我好像没管过。
6. step3计算成本加权距离和最小成本路径。里面drop corridor的勾去掉(删除穿过源地的走廊)
7. 勾选step4 ，限制每个核心区链接到1-4个最近的邻居。
8. step5，计算成本最低的走廊，并mask

输出文件：
datapass ，中间数据。link_maps geodatabase（道路统计信息，矢量和栅格），

1. step1：euc_adj.csv（源地欧氏距离确定的相邻列表）,csd_adj.csv(加权成本距离的相邻列表)
2. step2：描述网络的text文件（linkTable_s2.csv），显示连接的条形图（stick_s2.shp）
3. step3：cwd，cost-weighted distance，显示到最近核心区域的成本加权距离栅格，在output目录。
4. step4：删除两个源地之间较大的连接，只保留最小的
5. step5：mosaic into a map，每个cell表示连接所有源地的所有廊道之间的最小值加权成本，csd2Euc_r是加权成本距离雨欧式距离的比值，是路径质量的度量。
   
   
   这个软件经常有闪退，懵逼。改一下文件名吧，多运行几次，也有好的时候
   今天又重装了两次系统，因为闪退，我不信邪了。
   莫名其妙大概在跑了10次之后succeed了。(￣▽￣)"

2.Barrier 生态障碍区

输入数据：

1. 在运行了上一步的工作区文件夹继续运行，也是输入同样的数据。
2. 设定窗口的大小和步长：可恢复的狭长土地的最小长度的一半，必须≥电阻栅格单元的大小。步长要是最大、最小窗口差值的可整除数。结果他会在这个范围内选择一个最优的。
   这个数怎么判断呢？
   我的30m的栅格，区域面积3000km2.设置3000-18000，step3000.

radiusl	time
3000	7’50’’
6000	14’34’’
9000	22’18’’
12000	31’32’’’
15000	2h50’5’’
18000	14h9’33’’

4. 合并barrier map的方式选择sum。因为可以通过恢复单个区域来改善多条廊道。
5. 不勾选每个搜索半径保存栅格。
6. LCD得分：得分高的是更好的可恢复的点，是更可行的地方。得分高的是更低百分比的最小成本距离（改进代价）。PCT：改善分数，是相对于原始LCD（最小成本加权距离）的改善百分比。

输出数据：

1. barrier.gdb
2. barriers_sum.gdb

3. Pinchpoint 生态夹点

这个工具需要下载安装一个circuitspace软件。并且安装只能装在C盘，默认路径，不可以更改。不知道为什么网站上不能下载，贴一个资源传送阵：
https://download.csdn.net/download/qq_32793399/19671799

介绍：
Pinchpoint Mapper 用于识别和优先考虑 保护生态格局连通性的 重要区域

(A) 简单的景观，两个要连接的生态源地（绿色）。扩散阻力（白色低阻力，深色调阻力高，黑色完全屏障）。
(B) 斑块之间的最低成本走廊（黄色最低阻力路线，蓝色最高）。
© 使用 Circuitscape 导出的相同两个源地之间的电流，最高电流密度以黄色显示。电路分析通过识别重要的替代路径和“夹点”来补充最低成本路径结果。夹点区域的小面积损失可能会不成比例地损害连接性。
(D) Pinchpoint Mapper的结果，它将电流限制在最佳走廊。这种方法混合了最低成本走廊和电路理论方法，显示了最有效的运动路径和其中的关键夹点。这些可以被优先考虑，而其他区域则是对连通性贡献不大的区域，例如右上角的深蓝色“无处可去的走廊”。

输入数据：

1. 在运行了Pathway廊道的工作区文件夹继续进行
2. CWD cutoff distance：设定裁剪加权成本距离的阈值，大于这个值的其他区域将被裁剪掉
3. 对阻值进行平方：不选
4. 使电流通过连接相邻核心区域的各个走廊。 电流将被限制在每个走廊中 CWD 截止距离（cutoff distance）以下的区域。 当前值将镶嵌在所有走廊上。勾选。
5. 使用 Circuitscape 计算栅格中心。勾选。下面选择all-to-one模式。
   pariwise：成对模式将在所有成对的核心区域之间运行电流。 all-to one：多对一模式会将一个核心区域接地并将电流注入其余核心，并在所有核心上迭代。 然后电流将流经所有连接的核心区域之间的这些区域。 每对核心区域（成对模式）或每个核心区域（多对一模式）的结果将在输出电流图中求和。 两个输出都显示具有高电流流动中心性的区域，表明它们对于保持整个网络连接的重要性。 成对模式提供了更直观的中心性度量，但如果您有许多核心区域，则多对一模式会更快。

输出数据：
pinchpoints.gdb
link_maps.gdb
建议尝试使用不同的 CWD 截止距离值来了解它们如何影响结果，并尝试成对设置进行栅格中心性计算。

左图: Linkage Mapper 的走廊。 使用 Linkage Mapper Utilities 工具集将走廊剪裁为 5 公里的成本加权“宽度”边界。
右图：使用 5 公里 CWD 截止距离的相邻对电流图。 具有高电流值（黄色）的区域表示各个走廊内的夹点。 电流密度在 ArcMap 中使用分位数分类进行符号化。【多对一模式】

左图：使用成对模式和 5 公里 CWD 截止值的栅格中心分析结果。 这显示了具有高电流流动中心性的区域，表明它们对于保持整个网络连接的重要性（与保持单个核心区域对如图 4 中的连接相反；）。
右图：使用【多对一模式】的栅格中心性结果。 结果与成对结果非常相似，但当有大量核心区域时，多对一会快得多。