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String req = "<Document><Item></Item><Document>"
Document document = DocumentHelper.parseText(req);
document.asXML();

这样转化后会变成：

<Document><Item/><Document>

如果希望还是原来的格式，可以用下面的方法替代asXML()方法，doucment转为字符串格式：

TransformerFactory tf = TransformerFactory.newInstance();
            Transformer transformer = tf.newTransformer();
            transformer.setOutputProperty(OutputKeys.METHOD, "html");
            transformer.setOutputProperty(OutputKeys.OMIT_XML_DECLARATION, "yes");

            StringWriter writer = new StringWriter();
            Source docSource = new DocumentSource(document);

            transformer.transform(docSource, new StreamResult(writer));
            String result = writer.getBuffer().toString()

关键是：
transformer.setOutputProperty(OutputKeys.METHOD, “html”);
除了dom4j外，还可以解决其它例如：org.w3c.dom
Source 是一个接口，用不同的实现就可以都使用这种方法。
Source docSource = new DOMSource(document);

单用这种方法可能不能完全解决问题，因为这么处理后它会自动在转化后的字符串里加上“”内容，这个要自己手动处理了。