DNA编码约束

DNA编码约束及分析

1 基于汉明距离的编码约束

DNA序列XY分别为:X=5`-x1x2......x3-3`Y=5`-y1y2......y3-3`

(1)汉明距离约束:

l  任意两个码字之间对应位上码元取值不同的位的数目定义为这两个码字之间的汉明距离,如:1010011101,汉明距离为2

l  DNA计算中指任意两个DNA链序列的所有对应位置字符不同的总数。

汉明距离H(X,Y):

(2)相似度约束:描述两个DNA序列XY碱基组成的相似程度。

相似度Similarity(X,Y):H(*,*)表示汉明距离,当k>0时,表示右移;当k<0时,表示左移;k表示移动位数。若汉明距离减小,Similarity也随之减小。

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