水博的两年半-CSDN博客

原创（WSI分类）WSI大模型，foundation model

计算病理学，WSI的大模型，foundation model

2024-08-14 10:10:33 276

原创（WSI分类）WSI分类文献小综述 2024

与现有的专注于预先训练功能强大的特征提取器或设计复杂的实例聚合器的工作不同，R2T 专门用于在线重新嵌入实例特征。然而，这会导致偏向于易于分类的实例，而忽略难以分类的实例。通过在实例层面应用这种想法，我们详细阐述了一种新型的 MIL 框架，该框架采用带有一致性约束的连体结构（教师-学生）来挖掘潜在的硬实例（MHIM-MIL）。MHIM-MIL 采用基于注意力分数的多种实例掩蔽策略，利用一个模数教师来隐式挖掘硬实例，用于训练学生模型，而学生模型可以是任何基于注意力的 MIL 模型。Mamba做的，不做评价。

2024-04-09 20:42:55 785 7

原创 Python实现病理图像mrxs格式转SVS

病理图像mrxs转svs

2024-01-02 13:27:42 1808 36

原创 OSError: cannot load library ‘libvips.so.42‘:

缺乏libvips库，直接安装就行：

2023-12-01 14:12:34 895

原创 No package ‘sqlite3‘ found

ubuntu下使用。

2023-11-27 18:51:27 798

原创（plt绘图）自定义热图渐变色，自定义colorbar

seaborn库这个方法最不好的就是不太灵活，方便设计库中已经定义好的颜色，想要更加丰富的颜色，还的用plt。自定义我们的渐变色有很多种方式，可以用seaborn库来作，也可以用plt来做。目标是用plt画一个热图，希望自定义颜色和colorbar。这样子就可以人以的定义自己想要的颜色了。接着定义我们的colorbar。首先展示用seaborn。

2023-03-21 13:57:57 3116

原创（WSI分类）WSI分类文献小综述

WSI分类研究介绍。

2022-08-25 11:22:49 5655 20

原创（病理图像读写）病理图像（whole slide images，WSI）的读写（.svs, .tiff）,使用openslide,和pyvips以及matlab

病理图像的读写

2022-08-02 10:59:59 10564 13

原创画交叉验证的ROC曲线，多个样本不同的ROC重叠。

样本数量不一致的交叉验证ROC可视化。包含了交叉验证的值范围。

2022-07-28 10:15:41 3478 6

原创 [病理图像质控]分割病理图像（whole slide images，WSI）中包含组织的区域，去掉空白区域

偷空写个帖子。在处理全病理切片（WSI）的时候，经常会碰到一个问题。就是整个WSI很大，其中有很多空白的地方，深度学习或者传统的图像处理都不需要处理的，如何把这些空白区域去掉。用的最多的是传统的灰度图OSTU分割，简单的说就是：#img 是原始的RGB图像gray = cv2.cvtColor(img, cv2.COLOR_BGR2GRAY)#添加高斯模糊是为了填补一些比较小的孔洞，而且使得边界更加平滑blur = cv2.GaussianBlur(gray ,(20,20),0)ret3,t

2022-04-12 17:01:42 8668 22

原创 python skimage 填补图像孔洞

最近处理图像的时候需要将图像中一些较小的黑色空洞填上，大致如下：白色区域中的黑色点是需要填上的孔洞。cv2中有一个叫cv2.floodFill的函数，可以淹没孔洞。但这个方法有两个很大的缺点。第一个是需要手动的找到至少一个背景点第二个是如果是多个白色区域围成的圆形，中间也有黑色的部分，但属于背景，不需要被填充。这种情况下也会把中间的黑色部分填充。就很烦。最近想到一个比较巧妙的方案。具体思路就是把整个图像的黑白颠倒，然后孔洞就成了白色的小连通域，这样子直接使用skimage中去除小连通域的方法

2022-03-29 17:30:47 6545 4

原创 einops库的rearrange、repeat、reduce 表达式怎么写

einops库的rearrange、repeat、reduce 表达式怎么写最近发现一个B格很高的库。einops库。这个库主要是用来对张量进行形态操作的。网上查了一下，说是灵感来源于爱因斯坦求和约定。然后去查了一下求和约定，也没看出来有啥关联。网上查了很多资料，还是看不太懂这个表达式是怎么写的。弄了好久弄明白了，现在来写一下这玩意怎么写的。这玩意主要有三个操作，rearrange，repeat和reduce。分别对应重新排列形状（reshape），复制和缩减这三种功能。这些函数不仅仅可以用来对nump

2021-11-17 10:24:08 3910 2

原创 CT图像分割dicom文件与nii.gz文件预处理----窗宽（window width）和窗位（window level）的设置

最近被CT图像的值弄得很烦，记录一下。CT分割也是个很热门的话题，病灶分割，器官分割等。CT图像大多是两种格式.dcm和nii.gz，当然也有别的，但这里我就不说别的，就说这两种常用的。.dcm也就dicom文件，采用的是dicom格式。dicom格式是CT和MR图像国际通用的表示格式，这个已经是一个共识了。dicom格式储存了最原始的CT图像信息，它包含了头部和数据部分，具体的格式有兴趣的可以百度dicom的格式详解，这里不展开。nii.gz格式与dicom的表现形式很像，也是头部加数据部分。这

2021-08-10 11:46:11 7090 8

原创 LIDC-IDRI数据集的dicom文件XML标注读取

LIDC-IDRI数据集的dicom文件XML标注读取ResponseHeaderreadingSessionunblindedReadNodulenoduleIDcharacteristicsroi最近用到LIDC-IDRI数据集，这里说一下这个xml文件的标注怎么读取。数据集的获取我是在paperswithcode上面找到的：https://paperswithcode.com/dataset/lidc-idri首先来看一下这个标注文件的地址，它是附带在dicom数据里面的。如下图尝试着打开一

2021-08-05 10:28:29 2693 16

原创 pytorch提取网络任意层输出的特征图

网上很多教程教我们怎么获取某一层网络输出的feature map。原理很简单，对于我们自己写的网络其实很容易，我们只要在return 的时候返回我们想要的特征就可以了，但是对于一些别人写好的，我们又不方便改原代码的网络，提取特定层的feature map就有点麻烦了。下面我以torchvision的vgg16为例，提取第一个全连接层输出的feature map首先我们看看网络都由什么层import torchvisionmodel = torchvision.models.vgg16(pretra

2020-06-28 16:07:52 17187 4

qq_34616741的博客

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原创 R语言ICC函数中Consistency 和 agreement，one-way和two-way，single和mean的选择

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空空如也

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