医疗图像处理
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水博的两年半
可以一起讨论研究,但谢绝论文合作。
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(WSI分类)WSI分类文献小综述
WSI分类研究介绍。原创 2022-08-25 11:22:49 · 5689 阅读 · 20 评论 -
(病理图像读写)病理图像(whole slide images,WSI)的读写(.svs, .tiff),使用openslide,和pyvips以及matlab
病理图像的读写原创 2022-08-02 10:59:59 · 10615 阅读 · 13 评论 -
画交叉验证的ROC曲线,多个样本不同的ROC重叠。
样本数量不一致的交叉验证ROC可视化。包含了交叉验证的值范围。原创 2022-07-28 10:15:41 · 3486 阅读 · 6 评论 -
[病理图像质控]分割病理图像(whole slide images,WSI)中包含组织的区域,去掉空白区域
偷空写个帖子。在处理全病理切片(WSI)的时候,经常会碰到一个问题。就是整个WSI很大,其中有很多空白的地方,深度学习或者传统的图像处理都不需要处理的,如何把这些空白区域去掉。用的最多的是传统的灰度图OSTU分割,简单的说就是:#img 是原始的RGB图像gray = cv2.cvtColor(img, cv2.COLOR_BGR2GRAY)#添加高斯模糊是为了填补一些比较小的孔洞,而且使得边界更加平滑blur = cv2.GaussianBlur(gray ,(20,20),0)ret3,t原创 2022-04-12 17:01:42 · 8710 阅读 · 24 评论 -
CT图像分割dicom文件与nii.gz文件预处理----窗宽(window width)和窗位(window level)的设置
最近被CT图像的值弄得很烦,记录一下。CT分割也是个很热门的话题,病灶分割,器官分割等。CT图像大多是两种格式.dcm和nii.gz,当然也有别的,但这里我就不说别的,就说这两种常用的。.dcm也就dicom文件,采用的是dicom格式。dicom格式是CT和MR图像国际通用的表示格式,这个已经是一个共识了。dicom格式储存了最原始的CT图像信息,它包含了头部和数据部分,具体的格式有兴趣的可以百度dicom的格式详解,这里不展开。nii.gz格式与dicom的表现形式很像,也是头部加数据部分。这原创 2021-08-10 11:46:11 · 7107 阅读 · 8 评论 -
LIDC-IDRI数据集的dicom文件XML标注读取
LIDC-IDRI数据集的dicom文件XML标注读取ResponseHeaderreadingSessionunblindedReadNodulenoduleIDcharacteristicsroi最近用到LIDC-IDRI数据集,这里说一下这个xml文件的标注怎么读取。数据集的获取我是在paperswithcode上面找到的:https://paperswithcode.com/dataset/lidc-idri首先来看一下这个标注文件的地址,它是附带在dicom数据里面的。如下图尝试着打开一原创 2021-08-05 10:28:29 · 2717 阅读 · 16 评论 -
Dense biased networks with deep priori anatomy and hard region adaptation: Semi-supervised learning
Medical Image Analysis (MIA)最新论文阅读Dense biased networks with deep priori anatomy and hard region adaptation: Semi-supervised learning原创 2020-06-11 20:06:55 · 577 阅读 · 2 评论