linux下miniconda环境的配置以及软件的安装

miniconda

我们需要在自己的目录下安装conda环境，所以需要自定义安装位置

mkdir /share/nas6/wangyq/biosoft/miniconda
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O /share/nas6/wangyq/biosoft/miniconda/miniconda.sh

注意下载下来是sh结尾的文件。

bash /share/nas6/wangyq/biosoft/miniconda/miniconda.sh -b -u -p /share/nas6/wangyq/biosoft/miniconda/

通过-p参数去实现自定义路径

这个时候我们which conda还是没有的，因为我们没有在系统路径里面添加conda
但是我们在安装好的目录下发现conda已经可以通过绝对路径调用了。

添加conda到环境变量

通过钩子hook

/share/nas6/wangyq/biosoft/miniconda/condabin/conda init bash

init bash 会自动的绑定bash，每次启动自动执行conda环境。

记得装完之后要

source ~/.bashrc

然后就可以看到（base）的conda基础环境了。
这个时候我们退出到主要的环境。

补充：其实conda会写入profile里面，所以有的时候即使修改了有关conda的内容，
source ~/.bashrc也不会起作用，除非能覆盖。
所以有关conda本身的操作通常最好重启ssh链接。

conda deactivate

之后要用到的时候

conda activate

但是我们一般是退出的，服务器一般多个人使用，所以有很多的基础环境变量，比如很可能source引用了一个基础的模板系统。
base其实自带了一些版本的软件可能和原始基础环境不一样了，所以需要格外小心。

修改init

个人而言我不是很建议在团队工作的场景下用hook，每次都直接调到base很麻烦。
所以我们要修改一下。

必须执行，需要和bash绑定。，不然只能简单的conda操作，不可以activate我们创建的环境。
当然如果用conda绝对路径一番操作还是可以的。。。
就改成如上的样子

全部注释掉，然后在~/.bashrc

eval "$__conda_setup"
# 退出base环境
eval "conda deactivate"

source ~/.bashrc
conda activate

好了我们就可以正常的使用了。
最好重启ssh链接。

安装软件

最好根据项目内容建立conda环境名称！！！不要根据某一个用到的软件版本

除非是像python这样比较全局的解释器。。。

conda create -n python38 python=3.8

比如我们安装如下的几个软件。

fastqc multiqc samtools sambamba

conda create -n sgcell

environment location: /share/nas6/wangyq/biosoft/miniconda/envs/sgcell

我们创建过的都会在envs文件夹下。

#删除某个环境
conda remove -n 环境名 --all
#删除某个环境下的某个包
conda remove -n 环境名 包名

conda activate sgcell
conda install fastqc multiqc samtools sambamba

然后我们会悲剧的发现一个都安不上。。。
怎么回事呢？conda的仓库是分为很多的频道的，尤其是专业软件很多都不是在主要的频道里。

添加频道

conda config --append channels conda-forge

有兴趣的可以多试几个频道。频道在报错信息里面有。。。
不过看脸。。。

官网手动找包

https://anaconda.org

我们搜了一下，发现是放在了bioconda下面。这个时候可以添加一下频道。
或者点进去。

复制随便一个都可以。

总结

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。定义Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。最流行的 Python 环境管理工具。

[wangyq@cluster ~]$ conda activate sgcell
(sgcell) [wangyq@cluster ~]$ which python
/share/nas6/wangyq/biosoft/miniconda/envs/sgcell/bin/python
(sgcell) [wangyq@cluster ~]$ conda deactivate
[wangyq@cluster ~]$ which python
/share/nas6/wangyq/biosoft/miniconda/bin/python

我们会发现python的解释器是不一样的。
sgcell这个环境中的python就和外面的不一样。

conda现在就是环境管理工具，尤其是python和R的

注意有些场合不该用conda环境。

最好做到只在具体的业务上使用conda环境，并且注意备份。

补充：
conda的安装是会产生环境变量的污染的，聪明的人已经猜到了。
上面python为/share/nas6/wangyq/biosoft/miniconda/bin/python，但是我们原来安装conda之前如果就有
python呢？比如所有的用户共用的原始默认解释器是python2.0版本的？

这个时候就需要在eval后面重新声明path了。