R语言如何绘制变异系数曲线（24）

变异系数曲线

1.什么是变异系数曲线？

变异系数（Coefficient of Variation）：当需要比较两组数据离散程度大小的时候，如果两组数据的测量尺度相差太大，或者数据量纲的不同，直接使用标准差来进行比较不合适，此时就应当消除测量尺度和量纲的影响，而变异系数可以做到这一点，它是原始数据标准差与原始数据平均数的比。CV没有量纲，这样就可以进行客观比较了。事实上，可以认为变异系数和极差、标准差和方差一样，都是反映数据离散程度的绝对值。其数据大小不仅受变量值离散程度的影响，而且还受变量值平均水平大小的影响。（百度百科）

它的计算方式也很简单，CV=标准差/平均值

变异系数曲线就是基于变异系数画的经验累积分布曲线。

经验累积分布函数可以参考上篇推文。

2.绘图前的数据准备

​ demo数据可以在https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/demoData/CV/CV.zip下载。

2.1 CV数据

包含2个维度的数据，用生物学常用的搜库结果举例。每一列是个样本，每一行是个基因。

2.2 分组数据(可选)

包含2列数据，第一列为刚才的样本名称，第二列为分组名称。

分组数据是可选的，如果没有上传，则默认只有一个分组。

3. R语言怎么计算变异系数

# 读取数据文件
df = read.delim("https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/demoData/ecdf/demo.txt",
                row.names = 1)

# 计算
cal_cv=function(x){  # 自定义函数 标准差/平均值
  y=na.omit(x)
  return(sd(y)/mean(y))
}

apply(df, 1, cal_cv) # 在每一行上应用自定义cal_cv函数

4. BioLadder生信云平台在线绘制变异系数曲线

不想写代码？可以用BioLadder生信云平台在线绘制变异系数曲线。

网址：https://www.bioladder.cn/web/#/chart/45