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RSS订阅原创 linux 服务器 磁盘使用情况查看
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2021-05-05 08:46:28
636
原创 多卡训练之：nn.DataParallel
1，不管你要用几张卡训练，在加载模型和数据之初，模型(包括weights,suffer)和数据(dataset)都只能加载到主卡上。在训练过程中，你的模型复制到多个GPU上，数据分配到多个GPU上，每个GPU上有自己的weights和suffer,dataset。所以，不管你用几个卡，加载之初，都要走主卡，nn.DataParallel只是在训练过程中，分配到多个卡上。2，如何设置主卡os.environ[“CUDA_VISIBLE_DEVICES”]=“1,0”将1卡映射为虚拟的0卡：cuda:
2021-04-17 17:48:45
1218
原创 numpy 滚动数组
numpyhttps://numpy.org/doc/stable/reference/generated/numpy.argsort.html#numpy.argsortnumpy.moveaxisnumpy.rollaxisnumpy.transposenumpy.swapaxesnumpy.argsort
2021-04-07 23:15:46
259
原创 SimpleITK 读医学图像
很细致地讲解：http://insightsoftwareconsortium.github.io/SimpleITK-Notebooks/Python_html/03_Image_Details.htmlFrom SimpleITK to numpyGetsize() 返回信息如下图（ch不会返回，ch会再numpy中返回）：大家会发现SimpleITK and numpy indexing access is in opposite order!自己补充一个二维的：SimpleITK
2021-04-07 22:46:53
102
原创 进入docker容器开发
1， 创建一个容器sudo docker run --name=“cpu_new4” -dit -v /home/wn/flashc_data/data/:/home/flashc/data/ jrxing/flashc:cpu_ori-dit : d:后台运行 it:交互2，进入上面那个容器sudo docker exec -it 43d7287c4b82 /bin/bash43d7287c4b82 ： 容器id...
2021-03-08 18:51:48
111
转载 医学图像格式
https://wenku.baidu.com/view/fca2b614ea7101f69e3143323968011ca300f7ab.html下面是ANDI数据下载时的几种格式展示NiFTIAnalyzeMINC 格式As Archived
2021-03-05 14:27:42
177
原创 ADNI数据集
MCI：mild cognitive impairment 轻度认知障碍EMCI ： early mild cognitive impairment 早期轻度认知障碍LMCI ： late mild cognitive impairment 晚期轻度认知障碍AD：Alzheimer‘s disease 阿尔兹海默症SMC：CN：
2021-03-03 22:29:23
1449
6
原创 mdh医学图像
医学图像处理：读取mhd文件https://blog.csdn.net/qq_31347869/article/details/103578314matlab图像类型转换以及uint8、double、im2double、im2uint8和mat2gray等说明https://blog.csdn.net/kakiebu/article/details/78959249
2021-01-23 20:43:50
265
原创 python操作数组ndarray的常用方法np.concatenate np.divide np.moveaxis
numpy库数组拼接np.concatenatea=np.array([[1,2,3],[4,5,6]])b=np.array([[11,21,31],[7,8,9]])c=np.array([[11,21,31],[7,8,9]])np.concatenate((a,b,c),axis=0) # 默认情况下，axis=0可以不写（把6张纸订成一叠）结果：array([[ 1, 2, 3],[ 4, 5, 6],[11, 21, 31],[ 7, 8, 9]]，[11,.
2021-01-21 21:32:04
446
转载 ndarray
numpy中多维数组的类为np.ndarrayimport numpy as npa = np.array([[0,1,2,3],[4,5,6,7],[8,9,10,11]])type(a): <class ‘numpy.ndarray’>a.dtype : dtype(‘int32’)a.ndim : 2a.shape: (3, 4)a.strides : (16, 4)这篇博客太精彩了：https://www.cnblogs.com/yibeimingyue/p/13
2021-01-21 19:18:51
103
原创 python 将多张图片拼成一张 cv2.imread和image.open
from os import listdirfrom PIL import Imagepredata = Image.open(“samples/A/”+itemout)afterdata = Image.open(“samples/B/”+itemout)gtdata = Image.open(“samples/label/”+itemout)predict = Image.open(“samples/output/”+itemout)imslst = [predata,afterdata,g
2021-01-21 18:26:07
351
转载 vscode ssh-remote 配置
结合这2篇博客保证能成：https://blog.csdn.net/weixin_40607008/article/details/98471293https://blog.csdn.net/qq_33384402/article/details/104575475?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromBaidu-1.control&depth_1-utm_source=distribute.pc_rel
2021-01-19 20:51:27
59
原创 Linux screen的使用
screen -ls查看所有屏幕screen -S wn创建一个名叫wn的屏幕screen -r wn恢复wn如果恢复失败： There is no screen to be resumed matching ****，遇到这种情况咋办呢？输入命令screen -d wnscreen -r wn
2021-01-08 09:50:52
65
原创 查看显存的情况：nvidia-smi
命令查看Linux服务器内存、CPU、显卡使用情况查看内存使用情况使用命令：free -m查看CPU使用情况使用命令：top查看显卡使用情况使用命令：nvidia-smi上框1：显存占用/现存总量上框2：Gpu使用率（100%表示没让gpu闲着）这里有更加丰富的指令https://blog.csdn.net/masound/article/details/81909323?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-baidujs_
2020-12-26 15:13:02
1448
原创 在实验室的服务器上安装CUDA9.2版本的pytorch
按照官网的步骤https://github.com/pytorch/pytorch#from-source查看cuda版本cat /usr/local/cuda/version.txt查看运行时版本nvcc -V查看cudnn的版本cat /usr/local/cuda/include/cudnn.h | grep CUDNN_MAJOR -A查看显卡型号nvidia-smi知识扩展 https://www.jianshu.com/p/622f47f94784NVIDIA cuDNN是
2020-12-25 18:41:58
427
原创 平安夜这天，终于通过那个大黑框，把实验室服务器的环境配好了
1，下载xhsell xftp — 连接服务器的可视化界面下载免费的xshell xftp 方法：在 https://www.netsarang.com/zh/free-for-home-school/填写信息，姓名随便填，邮箱必须有效，下载链接会通过邮箱发给你2，安装xhsell xftp —> 运行 —> 登陆，连接服务器(用你师兄师姐提前给你申请的账号密码登陆)3，在服务器上安装anaconda（师兄给我装好了。我就不说怎么装了）anaconda 里面是包含 py
2020-12-24 22:37:14
143
1
原创 关于论文你应该知道的常识
arXiv.org是一个收集物理学、数学、计算机科学与生物学论文预印本的网站，“一个占坑的网站”。你有idea了，paper还没完全成熟实验也不充分的情况(或者说paper在投或被拒期间)，为了防止idea和别人撞车，防止自己的idea在论文被收录前被别人剽窃，我们会将预稿上传到arvix作为预收录，因此这就是个可以证明论文原创性（上传时间戳）的文档收录网站MICCAIMedical Image Computing and Computer Assisted Intervention Society
2020-12-20 10:22:35
116
1
原创 什么是MRI中的parallel imaging？
并行重建中用于重建图像的是来自多个 coil 的数据，他们都是源自于或者说编码了同一幅图像的信息，是有信息冗余的，最不济是一个重复码，至少可以降低噪声。一幅图像，有多个采样数据（来至多个线圈），这可以看作一个对图像信息的纠错编码。假设全采样coil-combined image 是X，首先乘以第i个coil-sensitivity maps Ci，得到单张图 Xi，然后做傅里叶变换F到k空间再乘以欠采样的mask M，最后data consistency 是Yi，是实际采集到 k空间信号最后又线性方程组
2020-12-12 22:16:04
433
转载 各种梯度算法总结 + Total Variation
本来想看MRI加速重建最新方向的文章，结果看到一篇加MRI速算法类的。发现里面很多被对比的经典梯度算法。顺便翻了翻高级工程数学，记录下。一切方法皆源于梯度方法。**一阶导数法：**梯度方法最速梯度方法（与梯度发的差别：最速即每次迭代的时候，步长也要一维线性求解，最优步长）**二阶导数法：**牛顿法**修正过的牛顿法下述方法修方向上的步长，解决牛顿法收敛震荡的问题。但是，不能解决F矩阵计算量大，和F可能不正定的问题。修正搜索步长，解决局部震荡修正F不正定的情况，仍然是牛顿法
2020-12-01 23:00:48
3877
2
原创 conda安装tensorflow
网上的教程解析：网上很多博客是分2步安装的：conda create -n tensorflow python=3.6.1activate tensorflowconda install tensorflow上面三行代码意思：创建python=3.6.1版本的虚拟环境，环境名叫tensorflow激活tensorflow在tensorflow环境中安装tensorflow创建tensorflow虚拟环境的语法：conda create -n 环境名 依赖包1 依赖包2 … python=
2020-11-30 09:34:16
578
转载 conda添加清华镜像源
参考博客：https://blog.csdn.net/qq_37717494/article/details/1055683501，查看已经有的镜像源cmd中输入conda config --show or conda infoconda info2,添加清华镜像源#以下两条是Anaconda官方库的镜像conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/conda co
2020-11-30 08:21:20
8573
1
原创 winedt编辑latex --- 自用方法记录
1，在latext中插入png jpg图片现将png jpg格式的图片转成eps，转换方式见https://www.cnblogs.com/hnuhui/p/6061292.html为了完成作业，我用了最笨的方式，在线转换，网址：http://www.tlhiv.org/rast2vec/latext中的代码：引入宏包：\usepackage{graphicx}插入图片：\includegraphics[scale=0.5]{108.eps}...
2020-11-29 14:12:23
1406
原创 关于mysql -- 待续
mysql的常用命令：登陆mysql：mysql -u root -p显示databases：show databases;删除database： DROP DATABASE umi;
2020-11-27 16:51:30
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原创 如何跑起来别人开发的django项目
记录：如何跑起来别人开发的django项目第一步：pycharm换成专业版，专业版才支持django在pycharm专业版中，设置django的环境，设置服务器的一些参数配置，见文https://blog.csdn.net/weixin_45342712/article/details/99965784第二步：启动项目 直接点击pycharm右上角的run，然后一堆报错，下面记录一一解决吧在用python开发项目是，如何看pip安装的包放到哪个位置了：pip show 包名如：pip sh
2020-11-25 22:27:06
5006
原创 安装pycharm专业版
安装pycharm专业版：pycharm与python的关系：如果没有Python解释器的话，pycharm只是一副没有灵魂的驱壳安装目录：D:\Program Files\JetBrains里面有一个社区版本，一个专业版
2020-11-25 19:25:49
279
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