python读取.mat文件时出现’NotImplementedError: Please use HDF reader for matlab v7.3 files‘问题的解决方案

原文网址：http://www.th7.cn/Program/Python/201702/1098085.shtml

＃最初用loadmat读取数据

import numpy as np
from scipy import io
mat = io.loadmat('test.mat')

＃如果报错:NotImplementedError:Please use HDF reader for matlab v7.3 files
更改为h5py方式读取

import h5py
mat = h5py.File('test.mat')

mat文件里可能有多个cell，各对应着一个dataset
可以用keys方法查看cell的名字

print(mat.keys())

可以用values方法查看各个cell的信息

print(mat.values())

可以用shape查看维度信息

print(mat['your_dataset_name'].shape)

注意，这里看到的shape信息与你在matlab打开的不同
这里的矩阵是matlab打开时矩阵的转置
所以，我们需要将它转置回来

mat_t = np.transpose(mat['your_dataset_name'])
mat_t 是numpy.ndarray格式

再将其存为npy格式文件

np.save('test.npy', mat_t)

npy文件的读取很简单

import numpy as np
matrix = np.load('yourfile.npy')

可以重新读取npy文件保存为mat文件
方法一（在MATLAB双击打开时遇到了错误：Unable to read MAT-file *.mat. Not a binary MAT-file. Try load -ASCII to read as text. ）：

import numpy as np
matrix = np.load('yourfile.npy')
f = h5py.File('yourfile.mat', 'w')
f.create_dataset('dataname', data=matrix)

这里不会将数据转置

方法二（使用scipy）：

from scipy import io
mat = np.load('rlt_gene_features.npy-layer-3-train.npy')
io.savemat('gene_features.mat', {'gene_features': mat})