circos
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circos图的绘制
Type真是太帅了
望崦嵫而勿迫兮,恐鹈鴂之先鸣。
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借助工具绘制完整circos图(五)重排序
本以为ok了,但是发现一个问题:三个贡献圈的宽度并不是从大到小的,因为我是直接在data1的后边直接加入了data2,两个相对有序的数据前后拼在一起就不有序了:例如黑框左边的数据越来越窄,到了黑框后突然又变宽了,这个地方就是data2的开始。所以解决方法就是对生成的row、col和all.txt进行重新从大到小的排序。思路比较简单,重排序是对同一个label的三个贡献圈进行排序,所以先用字典存储每个label的所有行,即一个字典-列表的形式,然后对某个label在字典中的映射列表进行排序。原创 2021-04-19 22:17:52 · 355 阅读 · 0 评论 -
借助工具绘制完整circos图(四)颜色修改
图像生成好了,但是颜色不喜欢怎么办?没错可以修改,最简单的,单个xy或者otu的颜色不喜欢,直接手动在E:\circos-0.69-9\test\etc\data\colors.conf将其对应颜色变量的三原色值修改了,如果需要统一修改,例如对XY进行分组,同一个分组的颜色值相同,那手动改起来就有点费劲了,而且每个新的表都要改。于是加了几个txt:分别储存每个xy的对应分组、每个分组的颜色、每个OTU的颜色(因为OTU就十个,并且不需要分组)读取分组和分组颜色,格式分别为:1\sXY00原创 2021-04-19 21:51:15 · 889 阅读 · 1 评论 -
借助工具绘制完整circos图(三)生成图像与显示不全等问题
得到拼接后的数据后,我们使用perl本地生成图像,详情安装配置等见https://blog.csdn.net/zhu_si_tao/article/details/53504334(记得下载各种包)我们随便找一个在(一)下载的压缩包,把他解压的文件夹复制到某目录下,在这我复制到了E:\circos-0.69-9下,并重命名为test(随便起)。把刚刚存放生成拼接文件的文件夹out放入E:\circos-0.69-9\etc下,重命名为data。修改配置文件E:\circos-0.69-9\e原创 2021-04-19 21:25:56 · 563 阅读 · 0 评论 -
借助工具绘制完整circos图(二)数据拼接
在(一)中,对每个数据(文件)的含义明确后,之后就是对每个文件的内容进行拼接。(本代码以label名的前缀为区分,要求列名开始为XY,行名可任意,只要开始不为XY即可。可根据需要自行修改,在这里为了统一描述,行名用OTU表示,但是实际并未匹配)(下文的“写入”和“放入”一般指的是list.append() )定义读取文件函数和保存文件函数:def readfile(filepath): with open(filepath, "r") as f: data = f.r.原创 2021-04-19 21:01:07 · 429 阅读 · 0 评论 -
借助工具绘制完整circos图(一)数据准备与数据理解
在使用circos online(http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/)绘制circos图时,由于我们的输入的行或者列超过100行时,系统会自动对数据进行截断,只取前100行100列,导致绘制的circos图像缺失了后边我们的数据,如何能绘制完整的图像呢?通过多次测试,我在这通过数据拼接的形式实现,先贴上官网的结果图以及数据拼接后的结果图:...原创 2021-04-19 19:52:37 · 2157 阅读 · 0 评论