借助工具绘制完整circos图（三）生成图像与显示不全等问题

相关文章：

（一）数据准备与数据理解

（二）数据拼接

（三）生成图像与显示不全等问题

（四）颜色更改

（五）重排序

得到拼接后的数据后，我们使用perl本地生成图像，详情安装配置等见https://blog.csdn.net/zhu_si_tao/article/details/53504334（记得下载各种包）

我们随便找一个在（一）下载的压缩包，把他解压的文件夹复制到某目录下，在这我复制到了E:\circos-0.69-9下，并重命名为test（随便起）。

把刚刚存放生成拼接文件的文件夹out放入E:\circos-0.69-9\etc下，重命名为data。

修改配置文件E:\circos-0.69-9\etc\circos.conf：

<<include etc/ideogram.conf>>
<<include etc/ticks.conf>>

改为：

<<include ideogram.conf>>
<<include ticks.conf>>

file*   = circos-table-conf(random_string)-large.png

改为：

file*   = circos-table-large.png

 

conf(random_string)是随机生成字符串，file*=后边为生成的图的名字，可以更改为其他。

修改配置文件E:\circos-0.69-9\etc\parse-tabel.conf：

max_col_num和max_row_num修改为150（比行数和列数大就行）

创建文件夹E:\circos-0.69-9\results，用来保存生成的文件。

把E:\circos-0.69-9\etc文件夹复制到E:\circos-0.69-9\bin下，得到E:\circos-0.69-9\bin\etc

 

然后打开cmd，跳转到circos目录：

输入

perl .\bin\circos -conf .\test\etc\circos.conf

其中test为之前重命名的文件名。

只要一直显示debuggroup，稍作等待后执行完毕

打开E:\circos-0.69-9\results文件夹，得到图像：

其中svg文件可用浏览器打开，或者使用ai打开（由于可能显示不全，最好使用ai）。

ai打开效果：

浏览器打开效果：

由于字体太长，超过了图像大小，通过ai，我们可以显示完整，点击视图->隐藏画板：

没有太大需要的直接截图就好，保存的话请自行研究。

生成的图像可能存在一些问题，例如，label重叠，如上图最下边，可以在生成前更改空隙大小或图的半径：

打开E:\circos-0.69-9\test\etc\ideogram.conf

其他参数啥的也不太清楚对应的是什么，可以通过http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/settings/修改设置后，随便上传数据，下载压缩包提取其中的配置文件然后覆盖当前etc下的几个conf即可。或者还可以通过生成后的svg进行稍微的修改，例如可以用记事本打开svg文件，代码看起来非常像html，难怪能用浏览器打开，例如我想修改XY03824的单个字体大小，使用查找功能查找到该代码行后，将font-size修改即可

或者也可以将XY03824这个文本的值进行修改。XY的所有大小修改可以使用替换-全部替换来做，其他字体大小、内容微调同理。