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Python
脉望虫
这个作者很懒,什么都没留下…
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Python中读取索引图像
Python中读取索引图像原创 2021-12-11 23:15:25 · 872 阅读 · 0 评论 -
手把手教你入门图像分割-基于深度学习
前言下面将逐步为大家介绍一个基于深度学习(U-Net)的图像分割项目Python安装安装Anacondaanaconda是一个集成的环境,内置很多基本的额Python安装包,使用anaconda可大大方便我们创建新的环境,安装删除各种包等。前往https://www.anaconda.com/products/individual 下载,根据个人电脑位数选择安装32位或者64位软件,安装时一直下一步就好,记住安装的路径安装PycharmPyCharm是一个很好的编辑器,前往https://www原创 2021-05-26 09:48:14 · 1518 阅读 · 3 评论 -
‘Tensor‘ object does not support item assignment解决办法
错误原因tensorflow张量中不允许逐元素的赋值,比如a是一个二维张量,a[1,1] = 0是个不合法的操作。解决方法CSDN上有许多种解决方案,一种是采用中间变量.还有一种可以通过列表和tf.stack函数实现...原创 2021-04-22 17:23:51 · 3122 阅读 · 0 评论 -
DGL使用笔记
DGL一个基于pytorch的图神经网络库使用方法import dglimport torch as thg = dgl.graph(([0, 0, 1, 5], [1, 2, 2, 0])) # 6个节点,4条边上面为创建图的过程,表示节点0->1,0->2,…有一个连接,这里是有向图,通过bg = dgl.to_bidirected(g)可将有向图直接转换为无向图,默认是64位整数,通过edges = th.tensor([2, 5, 3]), th.tensor([3转载 2021-03-29 10:55:17 · 645 阅读 · 0 评论 -
Python下遍历一个文件夹下指定类型的文件
前言经常遇到对文件夹下指定类型的文件进行处理的操作,如果仅是一层目录,尚且好说,对于多级子目录,我们只能采用文件遍历的处理。代码在下面的代码中,执行的是删除’H:\Experimen’下所有img文件path = 'H:\Experimen\'for root, dirs, files in os.walk(path): for file in files: if file[-3:] == 'img': os.remove(os.path.join(root, file))..原创 2020-10-21 17:04:22 · 1683 阅读 · 2 评论 -
Dilated U-Net Keras版本实现
最近读了一篇会议文章,提出在编码路径每个阶段汇中,使用除了一般卷积两个卷积之外还有一个空洞卷积路径的双通路结构,文章中称为Modified U-Net分割MRI中头颈部位的肿瘤,文章名称为:Segmentation of Head and Neck Tumours Using Modified U-net。网络结构为:下面给出该网络Keras版本的复现:#dilated UNetimport tensorflow.python.keras.backend as Kfrom tensorflow.原创 2020-09-08 19:53:16 · 1333 阅读 · 1 评论 -
Python下对医学图像的读取及操作
使用SimpleITK读取https://www.jianshu.com/p/f9145e3e1ae9.缩放操作https://blog.csdn.net/songchunxiao1991/article/details/88531086?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-1.channel_param&depth_1-utm_source=distribute.pc原创 2020-09-02 10:30:10 · 752 阅读 · 0 评论 -
Python多类分割结果的IoU计算
写在前面语义分割中,通常把多于一个目标类别的分割称为多类分割,单类分割也就是一般的只区分目标和背景的分割任务。目前博客中鲜有多类分割结果的评估代码,为此,本人专门写了一个。代码其实原理很简单,就是分别计算每一类的IoUimport numpy as npimport osfrom skimage import io'''该脚本主要实现语义分割中多类结果的评估功能要求:预测结果文件夹和真值文件夹中各个图像的文件名应该一样,对同一种类像素的灰度表示也应该一样'''pre_path = '原创 2020-09-01 16:39:24 · 4679 阅读 · 27 评论 -
keras中GlobalAveragePooling2D使用注意事项
GlobalAveragePooling2D带来的维度降低全局平均池化,深度神经网络中经常使用的一个层,使用前后的尺寸分别为[B,H,W,C]->[B,C].特别要注意,这个层使用之后特征图尺寸的维度变成了2维而非4维。这将对你之后的计算带来影响。解决方法在numpy中有expand_dims函数可以实现增加维度的功能,keras中backend模块同样提供了这个函数,使用K.expand_dims(x,1)即为在H维度上增加了一维,我们调用该函数两次就可以达到和原来特征图一样的维度了。原创 2020-08-31 17:49:28 · 3274 阅读 · 0 评论 -
在Keras中使用数据生成器的详细示例
写在前面https://stanford.edu/~shervine/blog/keras-how-to-generate-data-on-the-flyKeras作为一个高层的深度学习API,诞生之初就受到了大量使用者的欢迎,如今已被集成到Tensorflow内,更加速了它的发展。我们可以很方便的使用内置的函数加载数据、搭建网络、训练模型。我们都知道,在加载数据时,有两种方式:一下子全部加载进来,然后使用.fit()方法,如下代码所示:import numpy as npfrom ker翻译 2020-08-28 21:21:26 · 1923 阅读 · 0 评论 -
keras中报错:Unable to create group (name already exists)
背景最近在使用tensorflow.python.keras(TF版本:1.15)时,模型运行一个epoch后便报错,不能继续之后的运行,在网络上查找到的解决方案有:将模型的断点设置为.tf格式,但是值得注意的是该错误是在TF2中遇到的。https://blog.csdn.net/grllery/article/details/102489846/.该错误是由tf.tile函数引起,如果避免使用该函数可能也会解决这个问题https://stackoverflow.com/questi原创 2020-08-17 19:17:17 · 2266 阅读 · 0 评论 -
Keras中的Conv1D
Conv1Dkeras.layers.Conv1D(filters, kernel_size, strides=1, padding='valid', data_format='channels_last', dilation_rate=1, activation=None, use_bias=True, kernel_initializer='glorot_uniform', bias_initializer='zeros', kernel_regularizer=None, bias_regulari原创 2020-08-14 16:51:28 · 13650 阅读 · 2 评论 -
Python下将一个文件夹下所有文件复制到另一个文件夹中
import osimport shutil def copy_allfiles(src,dest):#src:原文件夹;dest:目标文件夹 src_files = os.listdir(src) for file_name in src_files: full_file_name = os.path.join(src, file_name) if os.path...原创 2020-03-24 01:29:32 · 10483 阅读 · 0 评论 -
Python日常使用代码
1、找到当前目录下所有符合要求的文件import os#找到所有.raw文件并存储起来f = open("all_raw.txt", 'w')for root, dirs, files in os.walk('E:\data'): for file in files: if file[-3:] == 'raw': # os.remove(os.path.join(root,fi...原创 2020-02-22 14:35:24 · 153 阅读 · 0 评论 -
Python并行实现XML文件转换为XLSX文件
最近需要读取一堆XML文件的数据,这批XML文件很大,虽说用Excel读取很方便,但是读取速度特别慢,故使用Python结合pandas、xml、multiprocessing包实现了数据的快速读取。# xml2xlsximport xml.dom.minidom import pandas as pdimport osfrom multiprocessing import Pool...原创 2020-01-16 21:08:41 · 2325 阅读 · 3 评论 -
使用SimpleITK读取NII格式三维图像注意事项
SimpleITKPython中SimpleITK被广泛用于医学图像的处理任务中,功能非常强大,但是使用的时候还需注意,尤其在图像读取时一定要注意维度。读取NII格式的图像#读取并显示NII图像文件from matplotlib import pyplot as pltimport SimpleITK as sitkimg_path = 'res.nii.gz'I = sitk.R...原创 2019-12-26 00:28:05 · 3097 阅读 · 2 评论