原始数据集的下载

下载sra files的目的是为了获得相应的fastq或sam files，进而进行分析。

第1选择--Aspera Connect 如果aspera connect不能下载，推荐sratoolkit的prefetch功能。尽量不要用wget或curl下载，速度慢，且有时下载不完全

注意：Aspera>Sratools>ftp

 

第1选择：Aspera Connect

-Aspera connect是IBM的商业化高速文件下载软件，但可以免费下载NCBI和EBI的数据。速度可达200-500Mbps，几乎所有站点都超过10Mbps

-如果Aspera connect不能下载，则推荐sratoolkit的prefetch功能

-最后，尽量使用sratoolkit中的fastq-dump和sam-dump命令。如果fastq-dump连接外部稳定，则推荐使用Biostar Handbook中的wonderdump脚本。

警告：尽量不要使用wget或curl命令来下载

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