sratoolkit安装

安装环境

Ubuntu20.04
sratoolkit2.9.2-ubuntu64

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安装过程

1、从https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/toolkitsoft/中的NCBI SRA Toolkit latest release compiled binaries and md5 checksums下载安装包。
2、将安装包sudo mv sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz -t /opt
然后

cd /opt
tar xzvf sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz
echo "export PATH=\$PATH:/opt/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin" >> ~/.bashrc

# 进入bin目录，查看当前位置 pwd 根据当前路径，加在自己的$PATH后面

source ~/.bashrc
fastq-dump -h

安装成功！

 

vi ~/.bashrc
# 查看自己的配置环境

 

 

简单使用

1、命令prefetch 可以从远程站点下载文件prefetch SRR1553610
2、将sra转换成fastq：fastq-dump SRR1553610
3、sra转换成fastq：fastq-dump --fasta 50 SRR1553610
4、将双端测序文件分开：fastq-dump --split-files SRR1553610

参考：https://www.jianshu.com/p/e74bb9b2c5a9