Esemble对接准备工作

1、下载蛋白质文件
打开pymol输入fetch 5cto(所需要的蛋白质文件名)
file–>Export Mo… 保存为pdb文件

2、以一个pdb为中心，合成一个模型
(1)例如以5dhw蛋白质为中心，5cto–>A–>align–>to molecule–>5dhw
(2)5YWG同上
(3)5dhw–>A–>center
(4)保存为session文件

3、下载小分子文件
进入Pubchem网站输入所需要的小分子名称进行下载

4、定坐标：用note打开蛋白质文件选择FE/NTD中任意一个坐标即可

5、options中蛋白质和小分子：
(1)做单个小分子：教程三的第二步命令会生成00B.params和00B.pdb文件，将00B.pdb复制到input文件下重命名为分子名+Ligand.pdb，作为option中做对接的小分子
(2)做多个小分子：chain 00B=教程三第二步生成的pdb文件合成一个pdb（复制粘贴在一个文件中），复制到input文件下重命名为分子名+Ligand.pdb，作为option中做对接的小分子
(3)option中的蛋白质就是用pymol软件fetch到的pdb