n4itk医学图像处理工具下载

https://github.com/ANTsX/ANTs

 

ANTs handout,蚂蚁讲义,

高级标准化工具快速参考布莱恩·b·旅行车

介绍

高级归一化工具s1是一款生物医学图像分析软件，主要用于配准、分割、几何量化和统计。ANTsR 2中提供了统计方法，它将ant与R统计计算语言紧密地集成在一起。本文档简要介绍了ant的特性。

 

http://stnava.github.io/ANTs/

http://stnava.github.io/ANTsR

 

在ITK中可以找到很多关于蚂蚁的核心功能的来源和测试，我们经常向这个项目致敬。这个核心通过ctestand在许多平台上进行了测试，结果显示在ITK dashboard3上

。每一次提交都要通过codeship 4和Travis 5测试ant

。很多(不是所有)ant pro-grams支持programName—version。我们的github commit通过识别核心版本和依赖版本，提供了跟踪代码版本的最佳方法。有关当前测试结果和安装说明，请参阅ANTs网站

3 https://open.cdash.org/index.php?project=Insight

4 https://codeship.com

5 https://travis-ci.org/stnava/ANT

与其他分析系统协作，ITK在定义良好的I/O和世界坐标系中协同工作。使用FSL、SPM或其他预处理与ITK和ANTs联合使用时，必须非常小心。在不同的系统中，物理空间(或图像标题的解释)可能不相同。这种不一致可能导致对结果的不同解释

图像是ant中的核心数据类型。有效的扩展由itk6图像输入/输出库7决定。ITK图像可以是任意维数和像素类型的，但是在ant中，我们在2、3或4维中实例化了efloat像素类型

CSV文件和point setsCSV(逗号分隔值)文件对于存储表数据非常有用。我们也可以使用它们来存储点集。当与蚂蚁一起使用点集时，确保点的物理空间与图像的物理空间匹配是至关重要的。最好从注册图像并将结果应用于第8点的标准示例开始。点集也可以以theMeta I/O库9提供的二进制格式存储。对于大型数据集，这种格式允许更快的I/O

8 https://github.com/stnava/chicken

9 http://www.itk.org/Wiki/ITK/MetaIO/Documentatio

蚂蚁最著名的组成部分与坐标系之间的映射有关。简单地说，这些映射可能与:•统计图像相似性:图像差异、相关或相互信息•平移、旋转、仿射、b样条或各种不同的形态学模型•空间或时空映射•密集或稀疏转换模型，后者是类似tSIFT或HOGG的，•对图像、标签或点集应用复合变换。这些组件都存在于一个集成的框架中，该框架几乎总是能够集成许多特性或应用于多种不同的模式

 

评价史因其在一系列与图像配准相关的公开竞赛中表现优异而广为人知。大多数的成功发生在社区举办许多这样的比赛之前。13亮点包括:•完成第一排2009评价脑MRI•克莱恩完成第一排2011肺CT评价•墨菲SATA 2012和2013人使用蚂蚁•表现良好的心脏运动估计竞争在大型datase•著名的鲁棒性能

 

尽管在不使用领域的情况下，ant通常表现得很好知识，它仍然是有价值的使用问题具体的解决方案时可行的

快速启动

ANTsR提供了一些快速注册选项。使用antsregistrationsync .s可以获得类似的性能

fi <- antsImageRead(getANTsRData("r16"))
mi <- antsImageRead(getANTsRData("r64"))
mytxr <- antsRegistration(fixed = fi, moving = mi,
typeofTransform = c("Rigid"))
mywarpedimager <- antsApplyTransforms(fixed = fi,
moving = mi, transformlist = mytxr$fwdtransforms)
mytx <- antsRegistration(fixed = fi, moving = mi,
typeofTransform = c("SyN"))

 

低维

翻译，刚性，仿射-可选的转换空间的多起点探索(antsAI)

高维

具有许多参数的转换——主要是SyN和b样条以及时变的自同态模型。

mywarpedimage <- antsApplyTransforms(fixed = fi,
moving = mi, transformlist = mytx$fwdtransforms)
invisible(plot(fi, mi %>% iMath("Canny", 1, 5,
12)))
invisible(plot(fi, mywarpedimager %>% iMath("Canny",
1, 5, 12)))
invisible(plot(fi, mywarpedimage %>% iMath("Canny",
1, 5, 12)))

 

我们写了一篇论文，详细描述了评估分析软件的过程。我们写这篇论文是为了帮助那些想要使用或评估蚂蚁的人做出更明智的选择。(1)向开发者提问;(2)利用独立于注册的生物动机测试指标

14 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3766821

 

分割，几何和标签

这类方法涉及到图像的标记和量化。

这些方法可能需要合理质量的数据来执行

好。警告!