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原创 微生物丰度的箱线图及小提琴图R语言绘制

（一）微生物数据包含两类：正常normal和患癌tumor样本，微生物相对丰度数据；截取部分如下：（二）使用R语言绘制箱线图拿到正常样本和患癌样本的微生物丰度数据之后，如何用R语言绘制箱线图做差异分析？如何绘制两类样本的小提琴图？箱线图横轴如何按照中位数排序？本程序根据10种具有显著差异的微生物丰度数据绘制了两类样本的箱线图及小提琴图。关键程序如下：读取数据并转换由于原始数据每一列是一种微生物，我们画图时需要先把数据转换成三列，一列代表样本类型（normal/tumor），第二列代表微生物种

原创 R语言软件R Studio以及python下载函数包使用常见问题（持续更新中）

R Studio以及python使用常见问题及解决方式（持续更新中）（一）R语言本机多版本是如何在RStudio中切换R语言版本在Rstudio中更换绑定的R的版本：Tools→Global Options→change如何在RStudio中下载R语言的函数包package安装必做：Tools→Global Options→packages→change（改成中国的那几个中的任一个）Rstudio下载packages用：Tools→install packages（它是先下载zip文件

原创 docker的下载及简单使用教程

docker的下载及简单使用教程一. 下载以及安装下载docker：官网网址：https://docs.docker.com/install/linux/docker-ce/ubuntu/#set-up-the-repository打开终端按顺序输入以下指令下载并安装dockersudo apt-get updatesudo apt-get install apt-transport-https ca-certificates curl software-properties-common3

原创 常用统计学数学符号缩写

原创 归一化方法

RPKM是Reads Per Kilobase per Million mapped reads的缩写，代表每百万reads中来自于某基因每千碱基长度的reads数。RPKM是将映射到基因的read数除以映射到基因组上的所有read数(以million为单位)与RNA的长度(以KB为单位)。RNA-seq是二代测序技术中用来表示基因表达量或丰度的方法。在衡量基因表达量时，若是单纯以映射到的read数来计算基因的表达量，在统计上是不合理的。因为在随机抽样的情况下，序列较长的基因被抽到的机率本来就会比序列短

转载 FDR校正

FDR校正一、假设检验假设检验的基本思路是：设立零假设（null hypothesis）H0，以及与零假设H0相对应的非零假设（alternative hypothesis）H1，在假设H0成立的前提下，计算出H0发生的概率，若H0的发生概率很低，基于小概率事件几乎不可能发生，所以可以拒绝零假设。科学研究一般会把我们希望得到的结论当作非零假设，而期望否定的结论当作零假设。只要我们证明零假设发生的概率很小，我们就有理由拒绝零假设，从而接受非零假设。例如，我希望得到的结论是早上能够八点起床。那么零假设