归一化方法

最新推荐文章于 2024-07-16 10:23:12 发布
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文章标签： 概率论 机器学习
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本文介绍了生物信息学中用于RNA-seq数据归一化的RPKM、FPKM、TPM和SRPBM方法，讨论了如何选择合适的归一化策略，以准确评估基因表达水平，避免因序列长度差异导致的误差。
摘要由CSDN通过智能技术生成

生物信息学中的归一化方法RPKM，FPKM，TPM，SRPBM

是Reads Per Kilobase per Million mapped reads的缩写，代表每百万reads中来自于某基因每千碱基长度的reads数。RPKM是将映射到基因的read数除以映射到基因组上的所有read数(以million为单位)与RNA的长度(以KB为单位)。

RNA-seq是二代测序技术中用来表示基因表达量或丰度的方法。在衡量基因表达量时，若是单纯以映射到的read数来计算基因的表达量，在统计上是不合理的。因为在随机抽样的情况下，序列较长的基因被抽到的机率本来就会比序列短的基因较高，如此一来，序列长的基因永远会被认为表达量较高，而错估基因真正的表现量，所以Ali Mortazavi等人在2008年提出以RPKM在估计基因的表现量。
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如何选择归一化方法

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莲的欧阳清
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Sklearn标准化和归一化方法汇总(2)：Min-Max归一化
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weixin_34146986的博客
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一文搞懂什么是归一化，以及几种常用的归一化方法（超详细解读）
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m0_71212744的博客
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数据归一化的方法总结
phantom66的博客
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qq_38410428的博客
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weixin_48888528的博客
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weixin_44943389的博客
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机器学习-数据归一化方法（Normalization Method）1.
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