轩令的技术博客

一、BWA-MEM函数框架1 读入 bwt、options、reads；2 利用mem_chain生成chain；3 利用mem_chain_flt过滤掉部分chain；4 利用mem_chain2aln生成比对结果元数据。1.第一步：数据输入加载已经生成的bwt表。接口的参数文件名为：xx.fasta；实际中包含具有以下几个后缀名的文件.amb,.ann,.bw...

一、参数说明T=ACGTCTCGAGACGT|T|=14T[i]=第i个碱基T[i,j]=第i到第j个碱基的字符串Ti  整个的字符串S：S（i）是第i小的数组的位置B[i]=尾缀数组C（a)共四个值，分别为C(A)C(C)C(G)C(T)    C(A)={0<=i<=n-1:T[i]<A} 的个数O（a,i）=从B[]表从0~i中，a ...

问题：reference：CGTCT；     read：GTC；由read的T开始去匹配，那么在bi-interval模型中他是怎么实现的呢？今天举例来具体复现一下。先对reference取反：GCAGA再对取反后的：reference颠倒位置：AGACGreference 右移：CGTCTAGACG GCGTCTAGAC CGCGTCTAGA ACGCGTCTAG...

ksw算法简介研究了这么久bwa-mem算法，也不知一次啃了ksw这块硬骨头，之前没有好好总结，今天来重点研究一下它。主要研究的对象是ksw_extend2函数，它是一个单线程、非完全匹配的sequence alignment算法，该算法基于动态规划的逻辑，进行数据匹配，由于数据间存在大量相关性，所以不方便并行实现，串行实现有十分耗时，我们的工作就是，把这一块从原工程中拎出来，并改写成GPU加...