python 读取保存三维图像数据

0. Motivation

因为项目需求，我需要将$256\times 256\times 64$大小的图像存入本地，本来数据是h5文件存储的，可是那样不方便可视化。所以，为了直观起见，
我想将三维图像数据保存到本地，方便可视化。

1. 失败的case

使用cv2，libtiff两种方式保存，结果都只能最多存第三个轴<=3的图像，宣告失败。

2. 成功的case

2.1 SimpleITK

首先安装SimpleITK

pip install SimpleITK

接着code中使用，注意维度要求。

import SimpleITK as sitk


## save
prob = np.array(prob).squeeze(1)[...,0]  # after: [64, 256, 256]
out = sitk.GetImageFromArray(prob)
sitk.WriteImage(out,out_dir+"/"+fname[i].replace(raw_type, proc_type))

## input
itk_img = sitk.ReadImage('./nifti.nii.gz')
img = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
print("img shape:",img.shape)

注意：这个包不允许使用中文字符！不然报错
维度：d, h, w = block.shape

{:04d}.format 可以保存0000， 0001， 0002 类似的文件名。

2.2 可视化

导入fiji就可以查看了~