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RSS订阅原创 Python数据分析三剑客之numpy
NumPy科学计数的基础库。重在与数值计算，也是大部分python科学计算库的基础，多用于在大型、多维数组执行的数值运算。
2022-06-29 18:18:24
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原创 python脚本的各种小经验
python脚本的各种小经验利用argparse获取操作指令import argparseparser = argparse.ArgumentParser(description='This is a help')parser.add_argument('--input', '-i', type=str, required=True, help='input file')parser.add_argument('--src', '-r', type=str, required=True, hel
2021-11-04 10:47:59
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原创 Bacass精简modules
Bacass精简modulesFastp一种旨在为 FastQ 文件提供快速一体化预处理的工具。该工具是用 C++ 开发的，支持多线程以提供高性能运作（过滤与质控）过滤数据前后的综合质量分析（质量曲线、基础含量、KMER、Q20/Q30、GC 比率、重复、适配器内容…）过滤掉不好的读取（质量太低、太短或太多 N…）通过从滑动窗口（如 Trimmomatic 但更快）评估平均质量，在其 5’ 和 3’ 中为每次读取切割低质量的碱基。修剪前面和尾部的所有读取切割适配器。可以自动检测适配器序列，这
2021-10-21 15:45:20
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原创 Nextflow patterns
Nextflow patterns1 Basic Patterns1.1 Channel duplicationP：需要在两个或多个进程中使用相同的通道作为输入S：使用into运算符创建源通道的两个（或更多）副本。然后，使用新通道作为流程的输入。代码：Channel .fromPath('prots/*_?.fa') .into { prot1_ch; prot2_ch }process foo { input: file x from prot1_ch script
2021-10-21 15:26:23
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原创 nf-hack17-tutorial练习与理解
nf-hack17-tutorialNextflow hands-on实现RNA-Seq pipeline的概念证明索引一个transcriptome文件执行质量控制进行量化创建MultiQC报告1 定义管道参数该脚本script1.nf定义了管道输入参数。使用以下命令运行它，以及不同的管道输入参数：nextflow run script1.nfnextflow run script1.nf --reads this/and/that运行结果：peng@sin-try2:~/
2021-10-21 15:20:07
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原创 Groovy正则表达式
Groovy正则表达式语法Groovy中的正则表达式本质上还是会使用到JDK中的java.lang.regex 包中的class一些简单的正则表达式：def reg1 = ~'he*llo'def reg2 = /he*llo/println "reg1 type is ${reg1.class}"println "reg2 type is ${reg2.class}"println "hello".matches(reg1)println "hello".matches(reg2)运行
2021-10-21 15:14:29
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空空如也
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