作者的话：本人在学习palabos时，发现国内中文资料甚少，恰好网上可以直接搜到palabos user guide这种英文资料，加之时间充裕，便打算开始翻译，翻了一节后发现这可能算侵权，就比较伤脑筋，突然想到自己写中文解读即可，便有了下面的博客。
Palabos User Guide
Release 1.0 r1
Copyright © 2019 University of Geneva
Jul 05, 2019
Chapter Five
Palabos编程
想了解palabos编程，知道c++是不够的，你还需了解一些算法和palabos的指南。
5.1.1 基本的数据类型
结论1：基本上所有情况下，int和unsigned int都被替换为plint与pluint。
原因：因为32位系统无法计算太大，超过2g的数据集不太够了，这样的替换都是为了方便在64位下计算的。而64位系统下，输入int还会定义32字节的类型。所以就用plint和pluint来表示64字节类型。
结论2：输入缓冲cout都被替换为pcout，cerr被替换成pcerr，clog被替换成pclog，对于文件输出ofstream，被替换成plb_ofstream。
原因：在MPI并行计算时，每一条线路都使用cout输出，为了保持程序运行的连贯性，才替换的。
5.1.2 内存管理
在palabos里，没有专门的垃圾收集器{garbage collector}，但是palabos里运用了一个指针一个对象的方法，每当同时访问对象的时候，对象会自己复制自己，所以所有palabos的类都有一个clone方法：
A* object1 = new A;
A* object2 = object1->clone();
假如你自己写palabos型号的类，你就需要用到这种方法，好在clone方法都差不多：
A* A::clone() const {
return new A(*this);
}
为了程序可读性和统一性，不建议你通过别的方法定义clone方法。
有些类还需要你写一个复制构造函数来确保clone方法可用。
5.1.3 数组
选择什么数据类型来存储数组值呢？答案是看数组值的大小。
像LBM的粒子群这种大的数据集，则使用palabos的 BlockLattice 类型。这类程序差不多长这样：
// Instantiate a nxnynz D3Q19 lattice with double-precision
// floating point numbers.
MultiBlockLattice3D<double,D3Q19descriptor> lattice(nx,ny,nz);
// Instantiate a nxnynz matrix of double-precision floating
// point scalars.
MultiScalarField3D field(nx,ny,nz);
像小的非并行计算的，比如说存储计算参数这样的不是巨大的数据集，C++标准库的数据类型 _vector_即可初始化动态尺寸的数组。差不多长这样：
plint numspecies = 5;
// Instantiate a vector of double-precision floating point
// numbers with 5 elements.
vector viscosities(numSpecies);
viscosities[3] = 0.63;
强烈推荐使用 vector 而不是 new [ ] 来操作，避免程序发送小意外。
对于非常小的非并行计算的而且确定尺寸的数组，palabos定义了array，通常用于存储小的物理向量，比如说速度。大概长这样：
// Instantiate a fixed-size array of type double and with
// 3 elements. The values can be initialized directly in
// the constructor for arrays of size 2 and 3.
Array<double,3> velocity(0., 0., 0.5);
velocity[0] = 0.1;
对于确定的数组就该偏向使用C语言下的Array，其本身就是c语言的模板机制，二者相同，但特别的是，在palabos以debug模式下编译时，会进行范围检查，debug或许会节省时间。（感觉这里没有讲得很清楚，日后有机会回来补坑。）
5.1.4 速度和密度
1）LB中V和ρ在宏观尺度上是最常见的变量，但在palabos代码里你会发现，这两个量很少见。在palabos里面，常用到的是 rhoBar 和 j 。
变量 j ：first-order velocity moment,一阶速度矩，大部分模型下，流体动量 j ＝ rho * u。
变量 rhoBar ：这个可以自定义，默认情况下它被定义为 rhoBar=rho-1 ，用于提升计算精度。因为液体密度经常接近1，这样密度减去1的话，数值就是在0上下，表达双精度点的变量的字节也更有意义。
下面是一些rho/u和rhoBar/j之间切换的规则。
// Use custom definitions in lattice descriptor to compute rho from rhoBar
rho = Descriptor::fullRho(rhoBar);
// Use custom definitions in lattice descriptor to compute rhoBar from rho
rhoBar = Descriptor::rhoBar(rho);
// Momentum is equal to density times velocity (component-wise)
j[iD] = rho * u[iD];
// Velocity is equal to inverse-density times momentum (component-wise)
u[iD] = 1./rho * j[iD];
// Inverse-density can be computed right away from rhoBar. Depending on
// the custom definitions in the descriptor, this is substantially more
// efficient than computing 1./rho, because the Taylor expansion of the
// inverse-function is truncated at an appropriate position.
u[iD] = Descriptor::invRho(rhoBar) * j[iD];
5.1.5 并行
这里主要介绍了并行计算时候的原理，大概就是说并行计算或者单线程计算的话，你的程序都长得差不多。并行的时候，MultiBlockLattice, MultiScalarField, and MultiTensorField 都是并行计算的，其他的数据都是复制到每条线路的，仅有很少的例外，默认的操作减少{reduction operations}（如计算一个格子的平均密度）是为了更有效率地把结果存到主线路。
5.2 Palabos非侵入式程序开发
首先需要劝退的是一些研究工作者在分享代码时，用邮件什么的发送部分代码，然后手动整合，造成每个人都拥有一份完整独立的代码，调参来实现特定功能。
这一节劝进你把代码当做库来使用，而不是搞一份模板来自己调参。
原因：Palabos源代码5w多行，改很麻烦，而且你改完源代码后，你这份Palabos几乎是从主要版本中独立出来了。这样后续Palabos出新功能或修正bug什么的，你就跟不上了。更何况这么做你就不太好和同事交换代码交流。
所以吧，不如就弄一个你自己的LB模型，或者算例应用。
5.2.1 不修改代码式扩展
举个例子，如果你想写个只有很小差别的，类似于BGK的LB模型，你应该首先翻到7.1节查看Palabos有没有应用它。
如果没有，
1）打开src/basicDynamics/isothermalDynamics.h 和 .hh
2）你会发现 BGKdynamics类 继承IsoThermalBulkDynamics，实行clone()，
collide()，和 computeEquilibrium()这三个操作
3）放弃调参的想法，创建新文件myNewModel.h和myNewModel.hh，搞一个继承IsoThermalBulkDynamics的MyNewDynamics在里面，把2）中的三个操作加进去，调参成你自己的BGKdynamics。
这样就与新版本更新不冲突了，与同事交换也只需要换两个文件。同时你也不需要把新文件放到Palabos的文件夹里，只需要把Make文件里的路径改对即可。
5.2.2 Palabos里哪些部分可扩展？
大致有三种方法扩展Palabos。
1）写一个新的dynamics类。（dynamics class）主要是定义局部的碰撞步数，
2）写一个新的数据处理器。（data processor）
3）写一个新的格子表示器。（lattice descriptor）主要是新的格子拓扑结构（离散速度，权重等）
假如你写了新的dynamics类，数据处理器，或者格子表示器，你可能还想把它们整合成包装函数。这样方便你自动传递合适的数据处理器给特定的任务，或者把数据处理器添加进网格中。有一个例子代码，就是这样方便的功能，OnLatticeBoundaryConditionXD类，可自动添加动态对象和数据处理器到网格中来创建边界条件。
Palabos的其他地方则无法扩展。作者表示，你若真想的话他也拦不住你重复造轮子，但这么做会破坏Palabos的模块性。简而言之这挺创新，然而自己造的轮子可能不被后续Palabos版本支持。
Palabos中可以扩展的地方就很有操作性了，比如说2D、3D Shan/Chen模型的单组多相流和不互溶多组多相流。这个仅仅是写了新的格子表示器和新的数据处理器，没有修改Palabos任何别的地方。
偶尔程序也会有不尽人意的时候，但做好注释能节省不少大家的时间。比如说运行布辛涅司克近似{Boussinesq approximation}的热流模型，这里温度场遵循LB模型下线性平衡的对流扩散方程。此时，显然需要写一个新的dynamics类来定义对流扩散方程的碰撞步骤，因为palabos的dynamics类接口中，微粒团的0阶矩总是被称作rho，然而在温度模型中，微粒团0阶矩是温度。这种情况就比较尴尬，做好两三处的注释防止别人困惑。
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