R语言使用dbplyr::filter循环匹配数据

qq_40270119

已于 2022-02-25 11:22:57 修改

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分类专栏： R dbplyr filter 文章标签： r语言数据分析

于 2022-02-25 11:21:50 首次发布

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在R语言中，使用dbplyr::filter从数据集中提取特定行时，循环体内可能会遇到数据匹配错误，表现为不同迭代步骤得到的结果相同。问题可能源于缓存或延迟计算。解决方法包括使用which()函数直接索引，或者在filter()中引用外部变量。确保每次迭代时filter()接收的是当前迭代的变量值。

摘要由CSDN通过智能技术生成

关于R语言循环体内匹配数据遇到的问题

使用dbplyr::filter遇到了问题
在循环体内进行数据匹配是最常见的，具体也就是:数据赋值给变量dat

在这里插入图片描述

从表中提取出Enhancer_ID为10:13200624-13201003的行，dbplyr处理数据使用的filter函数在进行数据匹配时，非常好用，那dbplyr::filter在此处的用法是：

dat %>% dbplyr::filter(Enhancer_ID=="10:13200624-13201003")

能够得到想获取的结果：
在这里插入图片描述
但是当在循环体内使用filter时，却会遇到问题，例如：

使用

eh_ID_mut <- eh_mut %>% filter(Enhancer_ID==eh_ID[ii])# %>% select("Hugo_Symbol","Chromosome","Start_position","End_position","Enhancer_ID")

通过循环ii来提取文件时，会出现窜行现象，如ii=63和ii=64得到的eh_ID_mut是一样的，而ii=65得到的eh_ID_mut$Enhancer_ID却是eh_ID[64]的，这在循环体内进行其他处理时会出错。
所以给出以下两点解决方案：
1.使用which()进行匹配，如此处可以用：

eh_ID_mut <- eh_mut[which(eh_mut$Enhancer_ID==eh_ID[ii]),]

2.如果仍然想在循环内使用filter()，需要将eh_ID[ii]赋值给变量，在filter里调用该变量，如：

ID <- eh_ID[ii] 
eh_ID_mut <- eh_mut %>% filter(Enhancer_ID==ID)# %>% select("Hugo_Symbol","Chromosome","Start_position","End_position","Enhancer_ID")

出现这个问题的原因，还不太清楚，若是有大佬知道，拜托在评论区解答一下！！！