Atomeye是由MIT的Ju Li教授开发的一款原子配型查看器(atomistic configuration viewer),非常适用于LAMMPS等分子动力学软件/包的后处理工作,本文主要介绍在ubuntu子系统上安装Atomeye的过程。
本文作者:佐治亚理工学院机械工程博士生 刘亚卓,联系方式为:liuyazhuo99@gmail.com
将要面对的问题:
- Atomeye需要图形界面,WSL本身并不带有图形界面,需要安装远程桌面
- Atomeye为32位程序,无法在64位WSL中运行
第一步,安装图形界面
由于X410的性能更为稳定,且配置更为简单,在Mircosoft Store中,它是收费软件,当前的价格是15美元
安装后只需要让ubuntu将图形界面显示到127.0.0.0:0.0即可:
# 转入home目录
cd ~
#修改.bashrc文件
sudo nano .bashrc
.bashrc文件会自动显示在终端中,在文件的最后添加一行
export DISPLAY=127.0.0.1:0.0
如果希望不干扰其他软件显示输出的位置的话,讲上面添加的代码替换为:
#[ -z $DISPLAY ] && export DISPLAY=127.0.0.1:0.0
ctrl+o之后点回车保存,ctrl+x退出编辑器
退出后记得在终端中source一下
这样你只需要打开X410在windows的后台,子系统中所有的图形界面就会自动弹出到你的桌面上了。
其他远程桌面安装方式见下文:
第二步,安装Atomeye
前往Atomeye官方网站AtomEye: atomistic configuration viewerhttp://li.mit.edu/A/Graphics/A/
点击download
右击另存为i686版本的文件到windows下任意路径
找到下载的文件,在ubuntu终端中讲路径切换到这个位置
然后将其复制到home目录下,
cp A.i686 ~
然后切换回home路径
我建议将其放入一个专用的文件夹,然后执行编译
然后将其重命名
为了后期调用方便,我们将当前目录的路径加入环境变量,首先调阅当前目录
记得复制。
然后依然是回到home路径,修改.bashrc文件
在文件最后添加
# Atomeye
export PATH="/home/yazhuo/Softwares/Atomeye:$PATH"
注意里面/home/yazhuo/Softwares/Atomeye应该替换成刚刚你复制的路径。
此时已经完成安装,但是你会发现用不了,提示cannot execute binary file: Exec format error错误。这是因为Li老师的文件是32位的,wsl默认不支持32位
此时应该借助第三方工具来打开,github上@Froosh给出了他的解决方案
安装 qemu & binfmt
sudo apt update
sudo apt install qemu-user-static
sudo update-binfmts --install i386 /usr/bin/qemu-i386-static --magic '\x7fELF\x01\x01\x01\x03\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x03\x00\x03\x00\x01\x00\x00\x00' --mask '\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xfc\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xf8\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff'
这一步实现了把程序的运行交由qemu-user-static来运行,从而实现运行32位。终端输入如下代码激活:
sudo service binfmt-support start
注意每次重启WSL都得重新运行这段代码,也可将这步加到开机自动启动中:
1.WSL中添加文件
vim /etc/myinit.sh
文件中就写着这个命令:
sudo service binfmt-support start
2.在Windows下添加启动文件
(1)打开"运行",输入"shell:startup",会弹出StartUp目录
(2)创建wsl-binfmt-support.vbs文件
Set ws = WScript.CreateObject("WScript.Shell")
cmd = "C:\Windows\System32\bash.exe -c ""bash /etc/myinit.sh"""
' 运行命令不显示cmd窗口
ws.Run cmd, 0, false
Set ws = Nothing
WScript.quit
保存,搞定。
安装完成。