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RSS订阅原创 Plink GWAS学习笔记
参考https://zhuanlan.zhihu.com/p/126178268GWAS教程https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/mpr.1608下载项目和数据ssh software-installgit clone https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial/cd GWA_tutorialllplink可以读取文本格式的文件或二进制文件，由于读取大型文本文件可能很耗时，.
2021-01-27 11:24:20
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原创 HLA分析（草稿）
执行gen_shell159.shdir=`pwd`for sample in `cat bam.list`do temp=${sample%%.*} sampleId=${temp##*/} echo "$dir/result" echo -e "source /home/censhaoqi/.bashrc \n time /hwfssz5/ST_MCHRI/BIGDATA/USER/censhaoqi/softwareData/usr/local/python-2.7.16/
2021-01-26 16:52:04
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原创 R-统计及可视化学习笔记（描述性统计量）
参考：生物信息学最佳实践-基础篇数据获取使用summary()函数得到一个data frame的描述性统计量，以R中内置的Edgar Anderson's Iris Data进行展示。# 查看常用的描述统计量summary(iris)一、箱线图# 使用箱线图展示某一列数据的分布情况boxplot(iris$Sepal.Length)箱线图怎样分析 箱线图（盒图、箱盒图） 如上图所示，箱线图由五个数值点构成，分别是最小观察值（下边..
2020-11-23 14:51:55
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原创 导入MNIST时报错No module named ‘tensorflow.examples.tutorials‘ 解决方案
参考：https://blog.csdn.net/taomiaotaomiao/article/details/78566775tensorflow版本1.15.2，Python版本3.7.5报错No module named 'tensorflow.examples.tutorials'解决方案1. 检查tensorflow是否安装成功：import tensorflow as tf2. 确认安装成功后，进入 python安装目录\Lib\site-package..
2020-11-20 16:22:37
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原创 Linux 查找文件文本命令（find | grep）
查找当前目录下所有文件是否包含"xxxxx"文本：grep -r "xxxxx"查找当前目录下某个文件是否包含"xxxxx"文本：find ./ -type f -name "filename.filetype" | xargs grep "xxxxx"
2020-10-13 15:24:36
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原创 （学习笔记）plink做逻辑回归
参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/72490817?from_voters_page=true一、准备数据集wget http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/dist/example.zipunzip example.zipcd example/检查ped文件和map文件的存在plink --file wgas1生成二进制的ped文件（fam bed bai）plink --file wgas1 --make.
2020-09-30 15:21:15
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转载 plink示例学习
安装好的plink带有一个Demo，输入下面语句执行：./plink --file toy --freq --out toy_analysis--file 代表输入文件，只需要输入文件的前缀即可。Input data : '--file toy' tells PLINK to use the genomic data in the text files toy.ped and toy.map.--freq 表示要进行运算，这里指的是统计等位基因的频率。Calculati..
2020-09-30 14:27:38
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转载 linux上安装Plink
1. 进入plink官网，选择对应版本http://www.cog-genomics.org/plink2/鼠标放置上面，右键->复制链接：2. 下载安装包并解压wget http://s3.amazonaws.com/plink1-assets/plink_linux_x86_64_20200921.zipunzip plink_linux_x86_64_20200921.zip安装完成！3. 安装目录下执行或者 绝对路径/plink..
2020-09-30 11:53:14
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原创 linux执行sh脚本（单个或多个）
遇到没有权限问题，记得先输：chmod 777 *.sh一、执行单个sh./a.sh二、执行一个文件夹内所有.shfor f in *.sh; do # or wget-*.sh instead of *.sh bash "$f" -H done三、如果想要脚本失败时停止整个执行for f in *.sh; do bash "$f" -H || break # execute successfully or break # Or more explici
2020-09-29 10:53:57
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转载 Linux下查看版本信息
参考：https://www.cnblogs.com/panchanggui/p/10330377.html1. 查看版本当前操作系统内核信息uname -a2. 查看当前操作系统版本信息cat /proc/version3. 查看版本当前操作系统发行版信息cat /etc/redhat-release4. 查看cpu相关信息，包括型号、主频、内核信息等cat /proc/cpuinfo...
2020-09-28 09:42:26
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原创 matlab蛇形机械手仿真建模
初学者哈哈，因为一次建模需要，速学机器人仿真。记录下自己的小成果，万一哪天又用到了呢？（一个很粗糙的蛇形机械手demo）基础理论可参考B站教学视频（我没看完）：【机械臂运动学教程】机械臂+旋转矩阵+变换矩阵+DH+逆解+轨迹规划+机器人+教程【仿真工具】MATLAB R2019a + robot-9.10robot-9.10需要自行下载安装，安装官方地址：http://petercorke.com/wordpress/toolboxes/robotics-toolbox.
2020-06-02 11:47:19
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原创 微信小程序——云开发数据库导入问题解决
导入csv文件至小程序云开发数据库。报错信息：导入数据库失败, Error: Poll error, 导入数据任务（id:515048）异常，错误信息：读取第35条数据错误，错误原因：line 36, column 560: bare " in non-quoted-field或者导入数据后乱码。解决方法：将csv文件另存为 CSV UTF-8(逗号分隔)(.*...
2020-02-27 16:50:18
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原创 python---win10下安装zipline
关于zipline安装可参考https://pythonprogramming.net/zipline-local-install-python-programming-for-finance/本篇全程用cmd的pip操作。（好像Anaconda安装会更方便些？）一、前提条件：zipline要求python环境必须为3.5，zipline依赖项列表如下（建议通过链接下载whl...
2020-02-12 15:39:45
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原创 python多文件打包成exe简单过程（利用pyinstaller）
想把一个项目打包成在不同电脑上可运行的程序。目标项目很复杂，涉及到多个.py文件和多个资源及依赖环境。所以先拿简单的小项目来试一下，需要打包的文件目录如下：只有两个.py文件和一个img文件夹。一、安装pyinstallerpip install pyinstaller其他安装方法可以上网搜，如果pip下载速度太慢导致安装失败的话，可以换一换pip镜像。常用的镜...
2020-02-09 18:06:56
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原创 第十届蓝桥杯---最大降雨量
【问题描述】由于沙之国长年干旱，法师小明准备施展自己的一个神秘法术来求雨。 这个法术需要用到他手中的 49 张法术符，上面分别写着 1 至 49 这 49 个 数字。法术一共持续 7 周，每天小明都要使用一张法术符，法术符不能重复使 用。 每周，小明施展法术产生的能量为这周 7 张法术符上数字的中位数。法术 施展完 7 周后，求雨将获得成功，降雨量为 7 周能量的中位数。 由于干旱太久，小明希望...
2020-02-08 22:53:38
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原创 第十届蓝桥杯---迷宫
【问题描述】 下图给出了一个迷宫的平面图，其中标记为 1 的为障碍，标记为 0 的为可 以通行的地方。010000 000100 001001 110000迷宫的入口为左上角，出口为右下角，在迷宫中，只能从一个位置走到这 个它的上、下、左、右四个方向之一。 对于上面的迷宫，从入口开始，可以按DRRURRDDDR 的顺序通过迷宫， 一共 10 步。其中 D、U、L、R 分别表示向下、向上、向...
2020-02-08 18:01:09
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原创 第十届蓝桥杯---数列求值
【问题描述】 给定数列 1, 1, 1, 3, 5, 9, 17, …，从第 4 项开始，每项都是前 3 项的和。求 第 20190324 项的最后 4 位数字。【答案提交】这是一道结果填空的题，你只需要算出结果后提交即可。本题的结果为一 个 4 位整数（提示：答案的千位不为 0），在提交答案时只填写这个整数，填写 多余的内容将无法得分。public class Main {...
2020-02-07 15:06:27
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原创 第十届蓝桥杯---平方和
【问题描述】 小明对数位中含有 2、0、1、9 的数字很感兴趣，在 1 到 40 中这样的数包 括 1、2、9、10 至 32、39 和 40，共 28 个，他们的和是 574，平方和是 14362。 注意，平方和是指将每个数分别平方后求和。 请问，在 1 到 2019 中，所有这样的数的平方和是多少？【答案提交】这是一道结果填空的题，你只需要算出结果后提交即可。本题的结果为一 个整...
2020-02-06 20:51:09
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原创 Python---字典
# 有C 和C++基础的学习笔记# 参考书《Python编程从入门到实践》# Python 3# 所有代码不给出运行结果，可直接copy 示范：# coding=utf-8# 存储了两个 键-值对；'color'是一个键，与之相关联的值为'green'alien_0 = {'color':'green','points':5} # 访问字典中的值：指定字典名和放...
2018-08-17 17:39:27
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原创 Python---unicode error
今日碰到一中文字符无法打印的errorwords = {'int':'整型','float':'单精度浮点型','double':'双精度浮点型'}print('int: '+words['int'])'utf-8' code can't decode byte 0xd5 in position 0: invalid continuation byte在前面加上 # -*- co...
2018-08-17 16:33:58
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原创 Python---注释
# setNamename="Jack"print(name)其中#注释内容若要进行中文注释，则在文件开头需加上#coding=utf-8或者# -*- coding: utf-8 -*-不要在中间插入，会报错完整示例如下：#coding=utf-8# setName# 注释name="Jack"print(name) ...
2018-08-16 21:36:58
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原创 Python---if语句
# 参考《Python编程：从入门到实践》进行学习# 有C或C++基础# 大多代码运行结果不给出，可copy示例：cars = ['audi','bmw','subaru','toyota']for car in cars: if car == 'bmw': print(car.upper()) else: print(car.title())对于"bmw"...
2018-08-15 22:52:34
234
原创 Python---列表
一、打印列表#coding=utf-8name=['Jack','Mike','Mary']print(name) 二、访问列表元素Python为访问最后一个列表元素提供了一种特殊语法。索引为-1时，返回最后一个列表元素：#coding=utf-8name=['Jack','Mike','Mary']print(name[-1])三、添加、删除元素1....
2018-08-14 23:06:05
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原创 蓝桥杯---完美的代价
问题描述 回文串，是一种特殊的字符串，它从左往右读和从右往左读是一样的。小龙龙认为回文串才是完美的。现在给你一个串，它不一定是回文的，请你计算最少的交换次数使得该串变成一个完美的回文串。 交换的定义是：交换两个相邻的字符 例如mamad 第一次交换 ad : mamda 第二次交换 md : madma 第三次交换 ma : madam (回文！完美！)输入
2018-02-06 12:34:18
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