医学图像可视化软件ITK-SNAP的使用方法

最新推荐文章于 2023-12-18 16:58:52 发布
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版权
  1. 导入：直接拖拽或点击File导入

 注意：导入图像的路径必须是英文,包含中文路径会显示如下错误：

  

2. 导入完成后的界面

 图中是包含以下三个维度，可以通过滚动条查看每个维度所有的切片：

 

NANCYGOODENOUGH
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专栏目录
图像分割ITK-SNAP分割标注（点坐标）
05-14
使用ITK-SNAP分割软件对图像的两个点坐标进行标注，用于识别两个点的线性回归任务。
itksnap:ITK-SNAP医学图像分割工具
05-10
ITK-SNAP自述文件 欢迎！ 感谢您对ITK-SNAP的关注！ 通过使用此程序，您将加入一个来自世界各地研究实验室的日益增长的用户社区。 ITK-SNAP是一种开放源代码的软件应用程序，它由专门的开发人员来实现，这些开发人员通常是在自愿的基础上做出贡献的。 美国国家医学图书馆通过PO 467-MZ-202446-1支持ITK-SNAP的原始开发。 ITK-SNAP 2.0版的后续开发得到了美国国家生物医学成像与生物工程研究所和NIH神经科学蓝图的支持，批准号为1 R03 EB008200-01。 NIH赠款1R01 EB014346支持ITK-SNAP版本3.0-3.6的开发。 ITK-SNAP是许多研究人员，软件工程师和学生超过15年的工作成果。 请访问“以了解使ITK-SNAP成为可能的团队！ 请记住引用ITK-SNAP 引用已发表的作品是我们评估ITK-SNAP影响的最佳方
ITK-SNAP 医学图像分割工具_c++_代码_下载
06-14
ITK-SNAP 医学图像分割工具
使用ITK-SNAP进行抠图操作并保存mask的实例
09-16
主要介绍了使用ITK-SNAP进行抠图操作并保存mask的实例，具有很好的参考价值，希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧
ITKsnap软件和分割后查看结果使用说明
07-27
ITKsnap软件是医学图像处理中的强大软件之一，使用其对医学图像进行分割标注，及校验使用方法
ITK-SNAP使用教程
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10-23 3万+
官方文档：http://www.itksnap.org/docs/fullmanual.php提供用于 3D 图像分割的工具包，SNAP 有两种不同的使用模式：1）人工分割；2）半自动分割人工分割模式：1）手动标记分割轮廓；2）修正自动分割的结果 半自动分割：使用了分割算法对 3D 解剖结构进行分割，这种分割算法需要用户的 guidance，而 SNAP 就提供了进行 guidance 的接口SNAP 可用于分割各种 3D 图像，但条件是图像必须均匀。 也就是每个像素须具有单个强度值 所以应用范围是 MRI
ITK-SNAP基础教程
m0_55764111的博客
01-08 5110
使用INK-SNAP查看分割结果
利用ITK-SNAP进行抠图操作并保存mask
云端浅蓝
11-02 8996
问题描述: 想要去掉图像背景,只保留中心部分 目标: 1.利用ITK-SNAP制作二值化标签(即mask) 2.利用软件ITK-SNAP把一幅图像中自己想要的部分抠出来 步骤: 打开ITK-SNAP ,这是一款可以方便进行勾画操作,制作标签的软件 1.点击勾画按钮 2.在图像中选点进行勾画 3.勾画完成后点击accept,可以看到所勾画的区域被标签颜色所覆盖 4.滚动鼠标滚轮到下一层(对于3...
itksnap配准后利用ANTs保存配准后图像
weixin_42245449的博客
09-13 1578
使用itksnap进行图像配准后，直接save图像发现还是原图，查阅资料发现https://layerfmri.com/2019/02/11/high-quality-registration/ 可以先导出transformation文件，然后利用ANTs生成配准后的图像。 1.导出transformation文件 配准选项框右下角有个save，保存后是txt文件，也就是transformation文件。 2.安装ANTs https://blog.csdn.net/qq_44933752/article
ITK-Snap 处理医疗影像
今晚看星星的博客
12-22 3万+
文章目录0 引言1. ITK-Snap基本功能1.1 ITK-Snap视图介绍1.2 File菜单1.3 Edit编辑菜单1.3 Segmentation 图像标注1.4 Workspace2. Tool 工具的使用2.1 Lager Inspect 查看图像的信息2.2 Active Main Tool 0 引言 由于最近接触了医疗影像的相关领域，特此学习了医疗影像相关的知识，与传统的图像处理领域有许多的不同，医学图像数据采用DICOM格式 DICOM：（Digital Imaging and Comm
医学图像数据读取及预处理方法总结
最新发布
weixin_47414581的博客
12-18 401
基于深度学习做医学图像数据分析，例如病灶检测、肿瘤或者器官分割等任务，第一步就是要对数据有一个大概的认识。但是我刚刚入门医学图像分割的时候，很迷茫不知道自己该干啥，不知道需要准备哪些知识，慢慢到现在才建立了一个简陋的知识体系。而第一点是进行第二点的必要条件，因为你需要了解输入到DL网络中的到底是长啥样的数据。这篇文章主要介绍常见的医学图像读取方式和预处理方法。
SimpleITK保存Nii文件与错误处理
Huiyu Blog
08-13 2728
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ITK-SNAP的使用
weixin_44895477的博客
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1.打开/导入图像： 两种方式 1）直接拖入 已经导入一个图像再导入另一个分割图像的时候，会有提示 选择 load as segmentation 就可以把分割的结果覆盖在原图上面 2）file–open main image segmentation–open segmentation 也是同样的效果 2.设置标签 segmentation–label editor 通过Actions，可以保存和导入自定义的label模板 export label descriptions–导出自定义的label模
医学影像处理软件ITK-SNAP
qq_60152842的博客
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介绍医学图像处理软件ITK-SNAP的下载方法
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在进行医学图像器官分割时，无论我们是用传统方法还是深度学习，最后肯定要用到手动分割的区域作为金标准来验证我们方法的精度。但是手动标注器官的轮廓是十分耗时的，这里我介绍一个比较简单的标注方法，以肺分割作为例子。 我们使用ITK-snap作为分割标注工具。 当切片间距离比较小时，比如1mm，一个患者的完整HRCT序列通常在200张以上，如果让医生一一进行分割区域标注是非常耗时乏味的。因此，我们可以使用最简单的阈值法比如OSTU，加上基本的形态学操作对肺进行粗分割得到粗略的分割掩码，在此基础上再手动的对分割结果进
将numpy array保存为nii格式 itk-snap打不开
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01-02 3731
将.nii文件读取成numpy array是很常见的，但将分割好的结果numpy array保存为nii格式却也是必须的。 现在介绍两种将numpy array保存为nii格式的方法。 1. simpleITK ## using simpleITK to load and save data. import SimpleITK as sitk itk_img = sitk.ReadImage('....
itk-snap使用教程
10-21
itk-SNAP是一款非常流行的医学图像处理软件，用户可以使用它进行医学图像的分割、三维重建和可视化。下面是itk-SNAP的使用教程。 首先，打开itk-SNAP软件。在菜单栏中选择“文件”-“打开图像”，然后选择要处理的医学图像文件。软件支持常见的医学图像格式，如DICOM、Nifti等。 图像打开后，可以通过鼠标和键盘进行操作。鼠标左键用于选择ROI（感兴趣区域），通过在图像上拖动，可以创建一个ROI。可以使用鼠标滚轮调整图像的缩放比例和平移。 通过选择“标签”菜单，可以创建标签并将其分配给ROI。可以选择不同的颜色和透明度来标记不同的结构或组织。通过选择“分割”菜单，可以进行分割操作。用户可以手动绘制轮廓或使用自动分割算法。 选择“编辑”菜单，可以进行一些编辑操作，如剪切、粘贴、填充等。选择“测量”菜单，可以进行一些测量操作，如测量ROI的体积、表面积等。 在完成分割和编辑操作后，可以选择“保存”菜单将结果保存到本地文件中。还可以选择“导出”菜单将结果导出为其他格式的图像文件。 此外，itk-SNAP还提供了一些高级功能，如多模态图像配准、三维重建和可视化。用户可以通过选择菜单上的相应选项来使用这些功能。 需要注意的是，itk-SNAP是一款功能强大但也复杂的软件，初学者可能需要花费一些时间来熟悉其操作。可以参考软件自带的帮助文档或在线教程，深入了解各种功能的使用方法。 希望这个简要的itk-SNAP使用教程能够帮助你入门并顺利进行医学图像处理工作。

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