Refseq : accession id to taxonomy lineage.

 

本文介绍的是关于Refseq生物基因组数据库库，如何从物种的accesion id 转化到具体的 taxonomy lineage的方法：

• 下载Refseq的完整基因组数据

我们可以通过ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/complete/ 来下载完整的基因组数据，从https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/下载assembly_summary_refseq.txt获取tax_id到第三步。

• 根据Accession ID在realease catalog.gz中映射到tax_id

在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/release-catalog/下载Refseq-realease90.catalog.gz

 

• tax_id to taxonomy lineage

将tax_id 通过https://github.com/zyxue/ncbitax2lin 获得完整的 taxonomy lineage信息