【视频笔记】北大生信课 P68 12-1从干实验到湿实验——一个演化问题

补课笔记整理，生信课断断续续地看完了，但是只有最后几P手抄了笔记……我果然是更适合手抄笔记时代的原始人啊……之前记录在印象笔记里的有空再整理出来吧。
课程传送门：北大生信课 P68 12-1从干实验到湿实验——一个演化问题

同源基因
Orthologs 直系同源基因：由物种分化产生，功能较为类似，可用模式生物进行研究。
Paralogs 旁系同源基因：由基因复制产生，功能不同，因为会随时间推移发生变异。

Q：在生物发育早期的保守阶段，是否存在基因复制形成的新基因？如果有，这些新基因又是如何发挥功能？
研究思路：
Step 1：通过对多个物种的比较，来找到不同物种间的复制基因。使用Blast识别种间和种内的相似序列；
Step 2：对找到的序列应用动态规划算法，以取得更精确的两两比对，并计算最终的相似性分数；
Step 3：利用邻接法构造基因树（系统发育树），并通过比较基因树和物种树来区分直系同源基因和旁系同源基因。选用ArrayExpress和GEO作为数据库；
Step 4：根据功能注释来筛选发生了功能分化的基因。选用Gene Ontology和KEGG，以及MGI和OMIM数据库。MGI主要是小鼠的数据，OMIM收录的是医学遗传学研究发现的人类基因与人类遗传病之间的关系。
Final：得到结果

本章结果基因：DNMT3
该基因主要功能是在基因组DNA上确定DNA甲基化区域，并进而导致相应区域的基因表达沉默，是表观遗传学的核心调控因子之一。其通过两种机制抑制基因表达，其缺失会导致早期发育的严重失调并进而引发多种疾病。
甲基化是抑制转座子等重复元件的重要手段。