R学习资源及R包安装

转自生信师兄

生信必备技巧之R语言基础教程

1. 学习资源

• 推荐书籍：R语言实战，R数据科学等等；

  这两本书在公众号【生信师兄】都有pdf版，有需要的可以关注公众号【生信师兄】并回复：“R语言”，即可获得免费电子版书籍。

• 遇见bug怎么办

  • R语言初学者必备-cheatsheet大全：https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/

  • R语言菜鸟教程：https://www.runoob.com/r/r-tutorial.html

  • 简书、知乎等各大平台都会提供很多生信分析常见的教程，一定要利用好这些资源；

  • 报错怎么办：度娘来帮忙；一定要学会百度！一定要学会百度！一定要学会百度！

2. 了解并安装R, Rstudio 及R包

• 下载R语言的软件: https://cran.r-project.org/bin

• 下载Rstudio这个R编辑器: https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/

• 安装一些必要的包：

  • 什么是R包：包是 R 函数、实例数据、预编译代码的集合，包括 R 程序，注释文档、实例、测试数据等；

  • 安装包 install.packages(" xxxxxx ")

    对于生物信息学常用的包，可以使用：BiocManager::install(“xxxx”)函数进行安装

  • 加载包 library( xxxxx )

  • 查看包的帮助文档help(“xxxxx”) 或?xxxxx

# 生物信息学分析必备的一些R包，复制以下代码，直接运行即可；
rm(list = ls())
# 设置镜像：
options()$repos
options()$BioC_mirror
#options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos
options()$BioC_mirror

# 方法一：
options()$repos
install.packages('WGCNA')
install.packages(c("FactoMineR", "factoextra"))
install.packages(c("ggplot2", "pheatmap","ggpubr"))
library("FactoMineR")
library("factoextra")

# 方法二：
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
 install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db" ),ask = F,update = F)

# 方法三：从github中安装

# 所有的R包都提交上传到CRAN，如Github，需要通过一定的渠道进行安装
# R安装devtools包
install.packages("devtools")
library(devtools)
# 安装github上的R包（需翻墙或改hosts）
devtools::install_github('lchiffon/REmap')
# 前为github的用户名，后为包名

# 测试--加载R包；
library(REmap)
library(GSEABase)
library(GSVA)
library(clusterProfiler)
library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(hgu133plus2.db)
library(limma)
library(org.Hs.eg.db)
library(pheatmap)

• 获取当前工作区间getwd()

• 更改工作区间setwd( “xxxxxx”)

• 清除当前对象rm(xx)