医学影像数据集处理01:dcm文件转换为jpg及npy格式

本文介绍了如何将DICOM格式的医学影像数据集转换为jpg和npy格式。首先,通过代码将dcm转换为jpg,然后讨论了dcm转npy以保持图像质量和方便后续模型训练的可能性。转换后的npy文件在视觉上可能存在轻微色差,作者计划进一步研究三维重建技术。
摘要由CSDN通过智能技术生成

本人下载的CT医学影像数据集源文件为DICOM文件,需要进行数据集处理后进行后续的模型训练。

1.dcm格式转换为jpg格式

首先考虑将dcm格式转换为jpg格式。代码实现如下。

ps:需要手动更改dicom文件夹源路径以及输出文件夹源路径。

import SimpleITK as sitk
import numpy as np
import cv2
import os
os.environ['KMP_DUPLICATE_LIB_OK']='True'
import PIL
import image

count = 1
path = "D:\\**********/"
filename = os.listdir(path)
print(filename)

for i in filename:
    document = os.path.join(path, i)
    outputpath = "E:\\*******/"
    countname = str(count)
    countfullname = countname + '.jpg'
    output_jpg_path = os.path.join(outputpath, countfullname)
    def convert_from_dicom_to_jpg(img, low_window, high_window, save_path):
        lungwin = np.array([low_window * 1., high_window * 1.])
        newimg = (img - lungwin[0]) / (lungwin[1] - lungwin[0])
        newimg = (newimg * 255).astyp
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