当我以为只有Linux和Win能装DSSP时,我找到MacOS安装DSSP的办法了
一开始我在开开心心跑代码,但是在执行app.start()这一行时报错…
提示没有DSSP的二进制文件mkdssp,因为biopython本身不自带dssp程序,他调用的是电脑里我们自己安装的dssp程序,因此,我们需要显式安装dssp。
题外话,中间我尝试了N多用conda下载的命令,什么conda install -c salilab dssp等等,又是改镜像,又是改.condarc文件,绝了,我用我一天的下载经历告诉大家,别搞这些,电脑跑累了都没结果。
一、
乖,听我的,先去这个网站下载dssp:
https://anaconda.org/salilab/dssp
选择你需要的版本
然后请下载并解压到到~/Ananconda3/bin/目录下,并且把 你的dssp/bin下的mkdssp文件拿出来放到~/Ananconda3/bin/目录下。
二、可以直接看三
是的,天真的我以为结束了,但是又报了一个错。
Library not loaded?库未加载????
继续刚,刚到你害怕!
这个错误是告诉我们缺的是framework:看清楚是libboost_thread.dylib,那就请移步https://anaconda.org/statiskit/libboost下载并解压缩,算了,一不做二不休把libboost/lib/下所有的framework的拷贝到~/Anaconda3/lib/下。
苍天绕过谁,又报错了,吐吐吐吐吐吐…
三、
貌似是版本不兼容引起的,于是抱着怀疑的态度打开了dss里面的index.jason文件,发现人家的依赖条件中libboost的版本要求是1.65.1.*,绝了!
请去这个网站https://anaconda.org/search?q=libboost下载对应的libboost版本
然后重复二的后续操作
四、
然后你就会发现你成功了!经过这次,我发现很多错误的解决办法其实都隐藏在报错信息里面,不要盲目的去找解决办法,自己先好好想清楚,理清逻辑,下载的包里没有一个文件是浪费的,抓住细节,就能解决错误。