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RSS订阅原创 mpi4py的wrapper
mpi4py的wrapper给mpi4py写了个wrapper。包括并行写入，对于numpy array的split并scatter，应该会持续更新，加入新功能。import h5py as h5from mpi4py import MPIimport timeimport numpy as npmpi_comm = MPI.COMM_WORLDmpi_size = mpi_comm.Get_size()mpi_rank = mpi_comm.Get_rank()def process
2021-12-15 20:50:22
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原创 安装anaconda引起的ssh错误：undefined symbol: EVP_KDF_ctrl, version OPENSSL_1_1_1b
安装anaconda引起的ssh错误：undefined symbol: EVP_KDF_ctrl, version OPENSSL_1_1_1b安装anacnoda之后，从服务器node上ssh到其他的node上出现错误：symbol lookup error: /usr/bin/ssh: undefined symbol: EVP_KDF_ctrl, version OPENSSL_1_1_1b原因很有可能是LD_LIBRARY_PATH被设置到了anaconda的位置，而anaconda的文件
2021-12-12 23:42:37
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原创 配置Linux台式机作为服务器
配置Linux台式机作为服务器添加用户（不需要添加新用户的可以忽略）使用sudo adduser username添加账户，并使用sudo usermod -aG sudo username将该用户添加为sudoer。安装openssh-server然后重启系统，使用新用户登陆，打开终端输入sudo apt install openssh-server，可能需要/etc/init.d/ssh start来启动。获得IP地址打开settings->Network->Wired对下拉栏菜
2021-12-08 17:05:36
2020
原创 pcolormesh结果出现白线的解决方法
pcolormesh结果出现白线的解决方法用pyplot的pcolormesh的时候最终结果如果存成pdf格式，某些阅读器会显示出白线，参考stackoverflow上的问答，pcolormesh是单独画一个一个小方块的，不同的阅读器处理方式不同，因此一些阅读器会出现白线。解决方法之一是使用imshow，例如：plt.imshow(z, interpolation='nearest', cmap='Blues', extent=[x.min(), x.max(), y.min(), y.max()])
2021-12-01 19:11:50
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原创 用来平滑和标记异常点的简单脚本
一维平滑：Iterative Smoother和高斯过程Iterative Smoother：来自这篇论文高斯过程：来自scikit-learn代码如下：import numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltfrom numba import njit, prangefrom astropy.cosmology import Planck15 as plk15from sklearn.gaussian_process import Gaussian
2021-11-28 14:34:07
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原创 Centos 8安装pdsh
Centos 8 安装pdsh先安装epel库：sudo yum install epel-release然后安装pdsh：sudo yum install pdsh
2021-11-23 21:43:28
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原创 给定一维随机分布生成随机数
给定一维随机分布生成随机数假设概率分布为f(x)，其CDF为g(x)，我们不加证明的给出，产生[0, 1)之间的随机数，并将其输入g(x)的反函数，得到的值服从f(x)分布，实现的代码如下：import numpy as npfrom scipy.interpolate import interp1d, UnivariateSplinefrom scipy.integrate import cumtrapz, trapz#import matplotlib.pyplot as pltdef
2021-11-14 19:07:16
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原创 matplotlib.pyplot报错ImportError(“Failed to import any qt binding“)和Linux图形界面安装
matplotlib.pyplot报错ImportError和图形界面import matplotlib.pyplot的时候出现如下报错：>>> from matplotlib import pyplotTraceback (most recent call last): File "<stdin>", line 1, in <module> File "/home/observer/anaconda2/lib/python2.7/site-packa
2021-11-14 13:09:42
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原创 一些不常用的python包
一些不常用的python包PyOD：用于查找outlier的包，内含多种查找outlier的算法，见PyOD文档ehtim：event-horizon telescope的成像包，可用于模拟和成像，见ehtim文档fundamentals_of_interferometry_chinese：用于学习射电干涉仪基础的教程，中文版，改编自MeerKat的教程，见射电干涉仪基础教程DLMF（Digital Library of Mathematical Functions）：一本数学手册，有很多特殊函数
2021-11-12 12:43:10
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原创 numpy.gradient的逆操作
numpy求导的逆操作numpy.gradient可以对函数进行求导，在设置edge_order=1时其逆操作可以由以下代码实现。改写自stackoverflow的回答。该程序仅适用于一维导数且dx为常数的情况，但是可以指定axis：import numpy as npdef integrate(dydx, y0, dx=1, axis=0): ''' Inverse of numpy.gradient, only for 1d, evenly spaced x and edge_
2021-11-11 18:55:40
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原创 使用fft对相位进行unwrap
使用fft对相位进行unwrap如果复数相位是另一个量，例如频率的线性函数，而我们想对相位进行直线拟合，那么我们首先需要对相位进行unwrap，然后才能进行拟合。numpy.unwrap可以对角度进行unwrap，但是如果有大段的数据缺失，numpy.unwrap会失效，我利用fft弄了一种新的unwrap的方法，如下：import numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltfrom scipy.signal import find_peaksdef f
2021-11-11 18:44:40
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原创 利用astropy和astroplan制定观测计划
利用astropy和astroplan制定观测计划可以利用astropy.coordinates.SkyCoord直接制定观测计划，首先需要构造源，既可以根据名称让astropy自动查找，也能通过ra和dec来构造。astropy采用CDS name resolver来通过名称获取源的信息，查看CDS (Centre de Données astronomiques de Strasbourg)获取更多信息。源被构造出来之后可以转入其他坐标系。两种方法以及坐标系转换如下所示：from astropy.t
2021-11-08 14:01:14
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原创 用来快速检查hdf5，npy和npz文件的Python脚本
用来快速检查hdf5文件的Python脚本import h5py as h5import sysfilename = sys.argv[1]with h5.File(filename, 'r') as filein: print('######################') print('## file attributes: ##') print('######################') for ii in filein.attrs.keys():
2021-11-07 19:09:50
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原创 Linux不常用指令
Linux不常用指令ssh的hostname对应的地址一般存在/etc/hosts里面。产生密钥用ssh-keygen -t rsa，密钥一般存在.ssh文件夹中，将密钥拷贝到远程服务器用ssh-copy-id remote_user@remote_IP。密钥会被存在远程服务器的.ssh/authorized_keys里面。用hostnamectl查看系统类型，用lscpu查看可用的cpu。...
2021-11-07 18:43:49
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原创 anaconda安装支持mpi并行化的h5py
anaconda安装支持mpi并行化的h5py参考这里，可以用conda install "h5py>=2.9=mpi*"通过conda安装支持mpi并行的h5py，其中2.9是这个channel里面支持mpi的第一个版本。
2021-11-06 15:12:29
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原创 关于Python-FSPS的笔记
FSPS，即Flexible Stellar Population Synthesis，是用Fortran写成的用于计算恒星光谱的程序，有python版本，Python-FSPS。以下是使用笔记：已知0.2.2版本无法在Python3.8的环境下正常运行，但是可以在Python3.6下正常运行。filters.py里的_load_transmission_cache函数有问题，不能加载最后一个filter，修改方案如下（添加了最后三行）： def _load_transmission_cac
2021-02-23 20:46:55
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原创 函数内的exec
函数内部的exec在函数内部使用exec的时候会有如下报错In [61]: def f(): ...: b = 123 ...: exec('a = b') ...: print(a) ...: In [62]: f()---------------------------------------------------------------------------NameError
2021-01-27 09:43:42
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原创 常用config
常用config文件~/.pip/pip.conf：设置清华镜像，并设置信任[global]index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple[install]trusted-host = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn~/.ipython/profile_default/startup/start.py：ipython启动自动加载一些包import numpy as npimport scipyi
2021-01-23 15:53:40
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原创 ipython自动补全crush处理方法
ipython自动补全crushipython自动补全crush，tab后不出现自动补全，再次enter即强制退出，出现报错（服务器上）：File "/home/anaconda3/envs/nbodykit-env/lib/python3.6/traceback.py", line 310, in walk_tb yield tb.tb_frame, tb.tb_lineno AttributeError: 'TypeError' object has no attribute 'tb_frame'
2021-01-23 15:41:10
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