qq_42224274的博客

原创 如何构建一个python包并上传到PyPI

1.Why在基于python的基础上，为了使用某些已打包好的功能，我们常常通过pip来安装一些第三方模块，从而简单快捷的实现某些复杂的计算工作。但是如何将已有的源代码封装成一个python包并提供给大家安装使用？接下来的内容将详细介绍，如何打包你的项目并且上传到PyPI项目......

转载 如何进行行列转换LINUX

使用awk进行行列转换假设有一个文件 test ，包含的数据遵循以下格式：同一行数据，单词之间为1个空格" "每一行都有同样多的数据，个数相同 处理命令： awk '{for(i=1;i<=NF;i=i+1){a[NR,i]=$i}}END{for(j=1;j<=NF;j++){str=a[1,j];for(i=2;i<=NR;i++){str=st...

翻译 bootstrp中如何让整个布局居中？

在bootstrap中实现元素居中的方法主要有这几种：1.加类.text-center（子元素居中）2.加类.center-block（自身居中）3.利用bootstrap中列偏移的概念。例如：col-md-offset-2(外边距向右偏移两列)---来源于：https://www.cnblogs.com/lzccheng/p/bootstrap_001.html示例（本人实践...

原创 clusterProfiler安装或者升级中出现的版本问题

1、之前按照官网的流程，如下，安装了该包并载入DOSE之后一直提示装不上enrich plot：## try http:// if https:// URLs are not supportedsource("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("clusterProfiler")2、3、该问题的意思是R 3.4.3版本的不...

转载 window.open()

打开新窗口（window.open）open() 方法可以查找一个已经存在或者新建的浏览器窗口。语法：window.open([URL], [窗口名称], [参数字符串])参数说明:URL：可选参数，在窗口中要显示网页的网址或路径。如果省略这个参数，或者它的值是空字符串，那么窗口就不显示任何文档。窗口名称：可选参数，被打开窗口的名称。    1.该名称由字母、数字和下划线字...

转载 简介angular路由

ngRoute是一个AngularJS的模块。其不是在AngularJS的核心库当中。            在使用ngRoute的时候，实际上，我们是在应用的主模块中引入ngRoute模块并添加$routeProvider服务到主模块的config方法中来达到我们的目标。这与其他一些库的使用方式是类似的，如ng-grid。            在ngRoute中，主要有$route、$...

转载 awk匹配案例

awk -F":" '{if($1~/root/) print $1}' /etc/passwd 打印包含root的行awk -F":" '/root/{print $1}' /etc/passwd   匹配root，并打印第一列awk -F":" '$4==100 {print $0}' /etc/passwd  打印第四列等于100的行awk -F":" '$1 !~ /root/ {p...

原创 sort按照指定列排序

例子：sort按照第七列排序sort -k 7 filename

原创 如何使用R绘制简单的频率直方图？

v<-read.table("aa.txt")     读取文件中的内容 hist(v[,1],xlab = "Weight",col = "green",border = "red", ylim = c(0,20),breaks=200)   绘制频率直方图v[,1]  查看文件中的内容*文件格式内容如下：    ...

原创 如何使用R包进行KEGG和GO分析

先贴上代码，后面有空的时候来解释：source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("clusterProfiler")biocLite("clusterProfiler")getwd()setwd("E:/my project/R_project")library(org.Hs.eg.db)data(geneList, p...

转载 使用rsync实现服务器数据同步备份

参见：http://blog.51cto.com/blxueyuan/1917818以及：http://einverne.github.io/post/2017/07/rsync-introduction.html

转载 如何在两个服务器之间传输文件或者文件夹？（端口相同与不同的情况）

1、从本机传输文件到另外一个服务器：scp  -P 8122 /home/helpteach/project/mallupload/1509681299449.png wasadmin@10.127.40.25:/home/testps：-P 8122指的是接受文件的服务器的端口号，如果两台服务器的端口号相同，则可省略该参数。2、从本机传输文件夹到另外一个服务器：scp -r   ...

原创 如何用awk替换文件中的单词？

例子：file1：hsa-let-7a      NIRFhsa-let-7a      PRDM1/Blimp-1hsa-let-7a      RAShsa-let-7a-5p   ACP1hsa-let-7a-5p   CASP3hsa-let-7a-5p   DAD1hsa-let-7a-2-3p FKBP14hsa-let-7a-2-3p FNDC3Ahsa-le...

转载 RNA-seq数据处理流程

转载 awk打开多个文件的方法

1、当awk读取的文件只有两个的时候，比较常用的有三种方法（1）awk 'NR==FNR{...}NR>FNR{...}' file1 file2（2）awk 'NR==FNR{...}NR!=FNR{...}' file1 file2（3）awk 'NR==FNR{...;next}{...}' file1 file2next表示下一个命令不被执行2、当awk处理的文件超过两个时，显然上面...

转载 linux环境下如何使用计算器功能

输入bc：然后就进入了计算器模式。退出则输入quit。使用示例示例一 命令行方式使用bc[root@localhost centos39]# bc bc 1.06Copyright 1991-1994, 1997, 1998, 2000 Free Software Foundation, Inc.This is free software with ABSOLUTELY NO WARRANTY.F...

转载 linux下解压zip格式文件

inux自带的unzip命令可以解压windows下的zip格式的压缩文件。unzip命令　　语法：unzip ［选项］ 压缩文件名.zip　　各选项的含义分别为：　　-x 文件列表 解压缩文件，但不包括指定的file文件。　　-v 查看压缩文件目录，但不解压。　　-t 测试文件有无损坏，但不解压。　　-d 目录 把压缩文件解到指定目录下。　　-z 只显示压缩文件的注解。　　-n 不覆盖已经存在的...

原创 SRA-toolkit中prefetch获取数据保存地址如何改变？

参考官网：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=std 需要注意的是：要建立一个空的文件夹，不然会提示你所指定的目录非空，从而改变不成功。...

翻译 linux中如何将大文件按照指定行数分割成多个小文件？

将一个大文件分成若干个小文件方法例如将一个BLM.txt文件分成前缀为 BLM_ 的1000个小文件，后缀为系数形式，且后缀为4位数字形式先利用wc -l BLM.txt       读出 BLM.txt 文件一共有多少行再利用 split 命令split -l 2482 ../BLM/BLM.txt -d -a 4 BLM_ 将 文件 BLM.txt 分成若干个小文件，每个文件2...

原创 linux中如何去掉文件中的空行？

介绍一种简便的方法：sed使用方式：sed -i '/^\s*$/d'  filename注意：如果不想在文中直接修改的话，不要加上-i，-i的意思是直接在文件中修改。

原创 R中的GEOmetadb包，查询NCBI数据

Retrieve the information (ex: A specific tissue RNA-Seq) that related to specific SRA number：Can use GEOmetadb to access NCBI GEO information in a similar way as for SRA data and SRAdb.官网GEOmetadb包使用代...

原创 如何安装SRAdb？

source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("SRAdb")ps：如果安装失败，提示版本不正确的话，记得更新为它需要的版本library(SRAdb)srafile = getSRAdbFile()con = dbConnect('SQLite',srafile)Now we are ready to query the local...

原创 如何解决本地上传的文档出现^M换行符的问题？

命令：dos2unix   filename转换之后，再对该文件进行操作，就没有^M情况出现