林学菜鸟—R语言点格局分析
本人是R语言菜鸟一枚,有不足的地方希望大佬们指教。这段时间忙着写毕业论文,因为论文的一部分内容涉及到树种的分布格局,所以自己鼓捣了一段时间。下面是我用R语言(Rstudio)做的一些工作(下列表依次为:原始数据;输出结果(第一列:数值顺序编号;r:尺度;obs:观测值;theo:理论值;lo:下包络线;hi:上包络线):
### 帮助函数:搞清楚包、函数的作用及使用方法
help("Kest")
## step 1
### 安装spatstat包
install(spatstat)
### 加载spatstat包
require(spatstat)
### 建立工作环境
setwd("E:/cycl")
## step 2
### 数据读取
cycl<-read.csv("cycl.csv",header=T)
head(cycl)
### 该函数创建点模式数据集
cycl.ppp<-ppp(cycl$X,cycl$Y,window=owin(xrange=c(0,24.5),yrange=c(0,17.2)))
###Monte-Carlo检验(Envelope);K( r ) or G( r );nism(迭代次数)
cycl.envelope<-envelope(cycl.ppp,fun=Kest,nsim=199)
cycl.envelope<-envelope(cycl.ppp,fun=Gest,nsim=199)
### 将envelope()函数计算的结果输出到一个.csv文件里,可以根据输出结果自己作图;
write.csv(cycl.envelope, "cyclenvelope.csv",row=FALSE)
### “row=FALSE”表示删除数值顺序编号,即第一列1~513数值。
## step 3
### 树种空间分布图
plot(cycl.ppp)
### K分布格局
plot(cycl.envelope,xlab="尺度Scale (m)",ylab="K值K(r)",main="a",xlim=c(0,5))
### G分布格局
plot(cycl.envelope,xlab="尺度Scale (m)",ylab="G值G(r)",main="b",xlim=c(0,6))
### xalb:x轴标题;ylab:y轴标题;main:图标题;xlim(调整x轴范围,即尺度范围)