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RSS订阅原创 Molecular Nodes
通过节点创建选区快速而强大，但有时用文字写选区更方便，且某些特殊选区目前尚无法靠节点实现。选中轨迹物体后，在 Object 标签页 的 Molecular Nodes 面板中，可用 MDAnalysis 选择语法 编写自定义选区。这些选区会以 Named Attribute（命名属性） 的形式自动出现在 Geometry Nodes 里。面板提供两个开关：Updating – 每一帧都重新计算选区Periodic – 按周期性边界条件计算。
2025-11-25 19:19:20
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原创 zerotier内网穿透
安装 OpenSSH Server，OpenSSH 是一组工具集合，它允许您使用 SSH 在网络上进行安全。启动zerotier-one.service。检查 ZeroTier 运行状态。zerotier内网穿透。停止 ZeroTier。重启 ZeroTier。安装zerotier。
2025-11-05 10:30:51
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原创 Cannot run short-ranged nonbonded interactions on a GPU because no GPU is detected报错解决
gmx安装未报错，nvidia-smi输出正常，nvcc -V输出正常，正常运行检测不到GPU。
2025-10-31 16:13:33
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原创 genpoly_lt.py
genpoly_lt.py 是一个用于准备包含聚合物的模拟的程序。它适用于将聚合物缠绕在任意曲线上。（这里提供了一个使用示例。）genpoly_lt.py 会生成一个moltemplate文件（.LT文件），其中包含定义聚合物分子的内容，该聚合物分子中的单体位于一个3列文本文件（在下面的例子中为“coords.raw”）中指定的位置。单体将被旋转，使其指向聚合物轴的方向（见“-dir-indices”），并且可以添加可选的螺旋扭曲（见“-helix”）。
2025-10-04 19:30:28
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原创 centos7升级glibc2.17到2.27失败补救措施
这时可以将glibc升级到2.19，经测试，这个升级过程可以正常完成，然后再装软件就不会报这个错了。如果经过上述操作依然有问题，如安装别的软件是configure失败或make -j失败，显示缺少某些库，这时可以去另一台centos机器的lib64拷贝同名的库过来。且glibc版本为2.17时千万不要直接升级到2.25，行安装2.25会安装失败，且会造成系统崩溃。：glibc2.27未编译安装成功，但部分组件依赖的函数库软链接指向到了glibc2.27上。glibc2.17升级到2.19。
2024-03-03 19:45:55
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原创 np.min()与torch.min
torch.min()接收一个数组表示取该张量数组的最小值，接收两个数组表示按位取较小的元素，而np.min()不能接收两个数组。np.min(array, axis=None, out=None, keepdims=False)取数组中的最小值；
2023-09-26 21:32:36
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原创 pyarma.h:55:2: error: no matching function for call to ‘pybind11::buffer_info::buffer_info(double*,
pyarma.h:55:2: error: no matching function for call to ‘pybind11::buffer_info::buffer_info(double*, long unsigned int, std::string, int, , )’);^
2023-09-11 09:38:51
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转载 勒贝格积分
勒贝格曾对他的这一积分思想作过一个生动有趣的描述: “我必须偿还一笔钱. 如果我从口袋中随意地摸出来各种不同面值的钞票, 逐一的还给债主直到全部还清, 这就是黎曼积分; 不过, 我有另外一种作法, 就是把钱全部拿出来并把相同面值的钞票放在一起, 然后再一起付给应还的数目, 这就是我的积分''.
2023-08-20 19:40:01
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原创 遍历论学习笔记
动力系统起源于牛顿所建立的经典力学，这种情形下一般是以时间为参变量的微分方程占据主导地位，大家所做的研究是通过求微分方程的显示解来解任何天体问题。19世纪末，庞加莱的《天体力学的新方法》中将相空间的几何引入到分析过程中，相空间代表所有系统参数向量所有值的可能空间。对单个解我们不太能够得到太多的信息，现在转而求解大部分解曲线的信息，在这种情况下，我们就从由微分方程定义的系统转换到研究相空间和作用群。简单的来说，动力系统研究的是相空间上作用长时间演化的极限行为。便理论从上个世纪初到现在发展出了非常多的内容。
2023-08-19 20:07:05
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原创 Block Averaging
如果我们取 t 时刻的数据点，在 t 之后的一段时间，我们可以放心地假设我们的数据是不相关的。想象一下，如果你走在街上，被一条裂缝绊倒了：走了几步之后，你的脚步声就会非常不规则——它们会比平时更长，而且间距也非常不均匀。在走了两到五步之后，当你恢复过来的时候，你现在的脚步和你绊倒时走的步子之间的相关性几乎是不明显的。我们在这里用了同样的方法。理想情况下，我们希望找到给出不相关数据的最小的块。这也是一个不错的近似值：我生成了1000组自相关数据，并要求我的程序以95%的置信区间找到平均值(和误差条)。
2023-08-16 14:31:39
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原创 对于变分自编码器VAE的重构损失使用均方差MSE还是二分类交叉熵的思考
当前网络上的关于VAE模型损失函数尤其是重构损失这里，有的使用均方差损失MSE,有的使用二分类交叉熵。那么，到底该使用哪一种或者说两者都可以？
2023-07-14 11:01:23
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原创 AttributeError: module ‘numpy‘ has no attribute ‘zeros‘
解决办法：卸载当前版本numpy换低一点版本numpy安装。
2023-06-29 18:50:12
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原创 2021-07-13
阶段作业一（绘图部分）基于jupyterlab绘图代码如下：import numpy as npimport pandas as pdimport matplotlib.pyplot as pltfrom mpl_toolkits.mplot3d import Axes3Dfrom ipywidgets import interactx1 = np.arange(-100, 100, 0.1)x2 = np.arange(-100, 100, 0.1)x1, x2 = np.meshgri
2021-07-13 22:12:35
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空空如也
空空如也
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