医学图像处理——数据预处理（.mhd+raw格式图像读取和显示）

说明：

1、mhd+raw背景

mhd+raw格式 是常见的一种医学图像格式，每一个病人的数据包含一个mhd文件和一个同名的raw文件（一一一对应），使用Python的SimpleITK库即可读取。

1）mhd（数据头部信息）：存放数据的非图像信息，如图像大小、切片大小、像素大小等。

2） raw（未加工的数据）：存储病人的图像信息，往往是三维体数据。（可以理解为将该病人不同的dicom切片图像都叠到一起，形成了一个三维图像，也就是我们通常处理的数据）。

---

每个病例数据存储都是由一个.mhd和一个.raw格式文件组成，且需要同名且放在同一目录下

2、.mhd说明图像数据的信息

将mhd文件用记事本打开即可，mhd中的各项参数十分重要。

参数	含义
NDims ：	图片的维度
BinaryData：	是否用二值存储
TransformMatrix：	x, y,z方向（结合向量理解，如 1 0 0表示的就是 x 轴方向向量）
Offset：	原点坐标
ElementSpacing：	一个体素（图像像素）在xyz（真实世界CT采样）方向上的大小（也是像素间隔大小），其中一般xy对应的spacing是相同的
DimSize：	每张slice的二维大小与张数（可理解为图像分辨率，并不是真实大小）
ElementType：	MET_SHORT类型，数值有正负
ElementDataFile：	头文件对应的原始数据

例如：

参数	含义
ObjectType = Image
NDims = 3	三维数据
BinaryData = True	二进制存储
BinaryDataByteOrderMSB = False
CompressedData = False
TransformMatrix = 1 0 0 0 1 0 0 0 1	100,010,001 分别代表x,y,z
Offset = 0 0 0	原点坐标
CenterOfRotation = 0 0 0
AnatomicalOrientation = RPI
ElementSpacing = 0.748047 0.748047 0.7	像素间隔 x,y,z
DimSize = 464 290 378	数据的大小 x,y,z
ElementType = MET_SHORT
ElementDataFile = 07_Fixed.raw	数据存储的文件名

3、Python读取和显示mhd图像数据

3.1python库的安装

1）指定源安装库

pip install 模块名 -ihttp://pypi.douban.com/simple–trusted-hostpypi.douban.com

pip3 install threads -ihttps://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/–trusted-hostpypi.tuna.tsinghua.edu.cn

2）python库镜像源

http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/阿里云

https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/中国科技大学

http://pypi.douban.com/simple/豆瓣

https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/清华大学

http://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/中国科学技术大学

3.1)打开cmd: 点击“Win+R”，直接下载缺少的模块库

pip install SimpleITK -i http://pypi.douban.com/simple --trusted-host pypi.douban.com

pip install matplotlib -i http://pypi.douban.com/simple --trusted-host pypi.douban.com

3.2)打开Pycharm: 点击终端，直接下载缺少的模块库 (与3.1方法一样选择一种使用即可)

pip install SimpleITK -i http://pypi.douban.com/simple --trusted-host pypi.douban.com

pip install matplotlib -i http://pypi.douban.com/simple --trusted-host pypi.douban.com

3.1代码运行展示

下面展示一些 内联代码片。

import SimpleITK as sitk
import matplotlib.pyplot as plt
case_path=r'Images/scans/07_Fixed.mhd'    #图像路径
itkimage=sitk.ReadImage(case_path)
# print(itkimage)   #这部分给出了关于图像的信息,可以打印处理查看
image=sitk.GetArrayFromImage(itkimage)
plt.figure(1)
plt.imshow(image[1,:,:])  #查看第1张图像
plt.show()