ubuntu下使用conda安装R3.6版本后安装survminer

1.由于没有root权限，所以使用miniconda2来按住哪个R

为什么没有使用最新版本的miniconda3，是因为在安装miniconda3之后总是报错conda.sh中语法错误，考虑到可能是因为和系统不兼容?重新安装miniconda2之后不再有此错误了
miniconda的下载可以到清华的镜像源中去下载：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
在下载的时候需要首先知道自己的系统是多少位的系统
使用 getconf LONG_BIT会非常直观

[root@localhost local]# getconf LONG_BIT
  64

下载安装miniconda

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-4.7.12.1-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-4.7.12.1-Linux-x86_64.sh

在这一步输入yes

这一步是用来设置将miniconda安装在哪里，如果想更改路径，直接输入路径即可

这一步是在询问是否将miniconda2加入到环境变量中去，如果加入环境变量，则每次登录系统后都会默认进入miniconda的base环境，在这里建议使用no

安装完成后为了以后使用方便，对miniconda设置别名

cd ~
vi .bashrc
#在.bashrc 中加入 alias mini="source /home/czg/mininconda2/bin/activate"
source .bashrc
#以后在需要激活环境时直接使用
mini
#便可以激活环境了
#在激活环境之后，就可以正常使用所有命令了

#更换清华源

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes 
pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

#创建环境

conda create -n R3.6
#切换环境
conda activate R3.6

#安装R3.6，其实本来想安装R4.0以上版本的，但是又怕新版会出现不兼容的问题，目前R3.6是最稳定的

#使用conda install r-base 默认安装的是3.4版本,那么怎么知道源网站目前支持哪些R呢，
#可以先运行
conda install r-base

此时便可以去https://repo.anaconda.com/pakgs/r/linux-64里面看一下，可以发现最高支持到3.6.1

#注意要使用安装包的全名
conda install r-base=3.6.1-haffb61f_2
#安装完之后直接运行
R
#便可以进入到R环境里面

#在R中安装survminer

install.packages("survminer")

#安装过程很漫长，最后还报错了，有几个包没有安装上，查看报错信息，最开始是由于foreign这个包安装出问题，首先直接下载手动下载该包，安装时提示要求R4.0.1以上，看来是该包的版本太高了，
去镜像网站看了一下 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/，这里的时最新版本0.8-80，那么怎么找到旧版本的包的呢
https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/
在这里选择pankages,进去后直接ctrl+F搜索该包

进入该包的界面后点击old——sources，便可以看到该包所有的历史版本了，选一个旧一点的包下载下来

install.packages("packages.zip",repo=NULL,type="source")
#安装完成后重新安装survminer就可以了