1.由于没有root权限,所以使用miniconda2来按住哪个R
为什么没有使用最新版本的miniconda3,是因为在安装miniconda3之后总是报错conda.sh中语法错误,考虑到可能是因为和系统不兼容?重新安装miniconda2之后不再有此错误了
miniconda的下载可以到清华的镜像源中去下载:
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
在下载的时候需要首先知道自己的系统是多少位的系统
使用 getconf LONG_BIT会非常直观
[root@localhost local]# getconf LONG_BIT
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下载安装miniconda
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-4.7.12.1-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-4.7.12.1-Linux-x86_64.sh
在这一步输入yes
这一步是用来设置将miniconda安装在哪里,如果想更改路径,直接输入路径即可
这一步是在询问是否将miniconda2加入到环境变量中去,如果加入环境变量,则每次登录系统后都会默认进入miniconda的base环境,在这里建议使用no
安装完成后为了以后使用方便,对miniconda设置别名
cd ~
vi .bashrc
#在.bashrc 中加入 alias mini="source /home/czg/mininconda2/bin/activate"
source .bashrc
#以后在需要激活环境时直接使用
mini
#便可以激活环境了
#在激活环境之后,就可以正常使用所有命令了
#更换清华源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
#创建环境
conda create -n R3.6
#切换环境
conda activate R3.6
#安装R3.6,其实本来想安装R4.0以上版本的,但是又怕新版会出现不兼容的问题,目前R3.6是最稳定的
#使用conda install r-base 默认安装的是3.4版本,那么怎么知道源网站目前支持哪些R呢,
#可以先运行
conda install r-base
此时便可以去https://repo.anaconda.com/pakgs/r/linux-64里面看一下,可以发现最高支持到3.6.1
#注意要使用安装包的全名
conda install r-base=3.6.1-haffb61f_2
#安装完之后直接运行
R
#便可以进入到R环境里面
#在R中安装survminer
install.packages("survminer")
#安装过程很漫长,最后还报错了,有几个包没有安装上,查看报错信息,最开始是由于foreign这个包安装出问题,首先直接下载手动下载该包,安装时提示要求R4.0.1以上,看来是该包的版本太高了,
去镜像网站看了一下 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/,这里的时最新版本0.8-80,那么怎么找到旧版本的包的呢
https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/
在这里选择pankages,进去后直接ctrl+F搜索该包
进入该包的界面后点击old——sources,便可以看到该包所有的历史版本了,选一个旧一点的包下载下来
install.packages("packages.zip",repo=NULL,type="source")
#安装完成后重新安装survminer就可以了