python pyinstaller使用过程中遇到的问题记录

写在前面

附上我的女神：

之前也有使用过pyinstaller打包脚本，没有遇到什么问题，今天突然一下子遇到了好多问题，觉得有必要记录一下。

环境说明

我使用的windows64的平台，python版本为3.7.2，是使用ananconda进行安装的,需要打包的脚本是使用jupyter写的，很简单的一个用来统计结果的脚本，就用到了pandas和openpyxl两个库

我的脚本

这个脚本是用来统计当前目录下xlsx文件中两个比较简单的数据，因为实验需求，每次打完质谱使用PD后都要做这么一个简单的统计，如果样本较多的时候统计起来就比较累。

import os
import openpyxl
import pandas as pd
os.chdir("./")
#get all xlsx files
def get_all_xlsx(): 
    all_xlsx = [i for i in os.listdir() if ((i.endswith("xlsx")) and not (i.startswith("~$")))]
    if len(all_xlsx) == 0:
        print("There is no xlsx format file.")
        input("Press any key to exit.")
        os._exit(0)
    else:
        return all_xlsx

class DS:
    def __init__(self,filename):
        self.filename = filename
    def detect_file_type(self):
        wk = openpyxl.load_workbook(self.filename)
        sheetnames = wk.sheetnames
        if sheetnames[0] == "PeptideGroups":
            return "pep"
        elif sheetnames[0] == "ProteinGroups":
            return "pro"
        else:
            return "none"
    def change_to_dataframe(self):
        workbook = pd.read_excel(self.filename,sheet_name=0)
        return workbook
        
def pep_process(dataframe):
    rows = len(dataframe.index)
    #print(rows)
    phos = dataframe.loc[:,"Modifications"].str.contains("Phospho").tolist().count(True)
    #print(phos)
    phos_rate = phos/rows
    pros = len(set(dataframe.loc[:,"Master Protein Accessions"].values.tolist()))
    return pros,phos,rows,phos_rate

def pro_process(dataframe):
    rows = dataframe.shape[0]
    return rows 
#"{filename} is not a pep or pro file".formatmat(filename=filename)
# 读入文件
def main():
    all_xlsx = get_all_xlsx()
    outFile = open("DataStastic.txt","w")
    
    for f in all_xlsx:
        ds = DS(f)
        fileType = ds.detect_file_type()  
        workbook = ds.change_to_dataframe()
        if fileType == "pep":
            results = pep_process(workbook)
            outline = f + "\t" + str(results[0]) +"\t"+"PhosphoRatio:"+str(results[1])+"/"+str(results[2])+"="+str(results[3])+"\n"
            outFile.writelines(outline)
            print(outline,end="")
        elif fileType == "pro":
            results = pro_process(workbook)
            outline = f + "\t" + str(results)+"\n"
            print(outline,end="\n")
            outFile.writelines(outline)
    outFile.close()
    print("results are in DataStastic.txt")
    input("press any key to exit.")
main()

遇到的第一个问题，RecursionError: maximum recursion depth exceeded

在使用pyinstaller进行打包时报错RecursionError: maximum recursion depth exceeded，意思是超出最大递归深度，python默认最大递归深度为999，这个问题可以通过下面的方式来解决

#首先正常运行pyinstaller
pyinstaller -F PD_stastic.py

在报出以上错误后，可以在当前目录下面看到一个PD_stastic.spec的文件，在该文件中加入：

import sys
sys.setrecursionlimit(10000)

修改前:

# -*- mode: python ; coding: utf-8 -*-

block_cipher = None


a = Analysis(['PD_stastic.py'],
             pathex=['c:/Windows/System32/downlevel', 'D:\\notebook\\Data statistics of 
            

修改后：

# -*- mode: python ; coding: utf-8 -*-
import sys
sys.setrecursionlimit(10000)
block_cipher = None
a = Analysis(['PD_stastic.py'],
             pathex=['c:/Windows/System32/downlevel', 'D:\\notebook\\Data statistics of 

接下来运行：

pyinstaller -F PD_stastic.spec

刚开始的时候sys.setrecursionlimit(10000)我设置为了5000,结果依旧报错，就加大到了10000
虽然成功的进行了打包，但是打包后的程序居然有20几兆，所以运行速度奇慢，接下来就是如何解决这个问题

第二个问题，打包后运行速度极慢，且体积较大

上网查询后大家都说是ananconda的问题，会打包很多多余的东西进去，因此接下来就准备安装一个纯净的pyton，这里的版本与ananconda’中的版本保持一致

• 下载安装python
  https://www.python.org/ftp/python/3.7.2/python-3.7.2-amd64.exe,这里下载的完整的离线安装包，由于这个python主要是用来以后时不时的打包使用，所以在安装时将路径选择在了D盘
• 下载脚本中所需要的库
  我的脚本中只用到了pandas和numpy两个库，所以使用pip安装这两个库就好了，
  为了防止和原环境变量冲突，我将新安装的python名称进行了修改
  原：D:/py37/python.exe 修改为D:/py37/python37.exe
  原：D:/py37/Scripts/pip.exe xiugaiwei D:/py37.Scripts/pip37.exe
  接下来在调用pip37 install 时出现了报错，重新打开cmd发现又好了，后边又偶问题，对于这个问题主要还是由于和原python有冲突，解决这个问题的方法有多种，由于这个python不常用，所以我使用的时比较笨的方法，直接调用pip37的绝对路径

python37 D:/py37/Scripts/pip37.exe install pandas openpyxl pyinstaller

由于原python中的pyinstaller也存在于环境变量中，所以这里使用绝对路径调用

pyton37 D:/py37/Scripts/pyinstaller.exe

结果报错了…

第三个问题，无法正常调用新安装的pyinstaller，SyntaxError: Non-UTF-8 code starting with ‘\x90’ in file D:/py37/Scripts/pyinstaller.exe on line 1, but no encoding declared; see http://python.org/dev/peps/pep-0263/ for details

这里是说编码有问题，对于这种问题，网上的解决办法都是在python文件的头部加入：
#coding:utf-8
或者
#coding:gbk
等等的方法，这些方法对于我自己写的py脚本可能适用，但是对于一个exe程序我有点无存下手，但好在阴差阳错的解决了
就结果来看，依旧是和原python有冲突，这里进行修改文件名

原	修改为
D:/py37/Scripts/pyinstaller.exe	D:/py37/Scripts/pyinstaller37.exe
D:/py37/Scripts/pyinstaller-script.exe	D:/py37/Scripts/pyinstaller37-script.exe

想不到居然解决了:
下面是进行打包的完整代码：

pyinstaller37 -p c:/Windows/System32/downlevel -F -i chuyin.ico PD_stastic.py

参数	说明
-p	指定依赖库的位置，否则会有警告某个dll文件摘不到，一般都是存在于c:/Windows/System32/downlevel
-i	指定图标文件的位置，可以用于生成exe文件的图标，我这里使用初音小姐姐的图片，ico格式可以使用jpg文件在线转换
-F	只生成单个的exe文件，位于当前目录下的dist目录中
-w	生成的exe程序采用无命令行窗口运行

第四个问题，加入-w参数后生成的exe无法运行

原因就是我的脚本中使用了input函数，而input函数需要在命令行窗口出入，所以产生了冲突。。。

最后附上我的图标，哈哈 老宅男了