【问题描述】
A先生找到了其失散多年的兄弟。为了确定血缘关系,A先生决定做DNA鉴定。请比较两组基因,A先生基因片段为{A,C,T,C,C,T,A,G},A先生兄弟基因片段为{C,A,T,T,C,A,G,C},找出两人基因片段中最长相同的部分。
【解题思路】
采用动态规划解决这道题:
设Z={Z1,Z2,Z3,···,Zk}是两个序列X={X1,X2,X3,···,Xm}和Y={Y1,Y2,Y3,···,Yn}的最长公共子序列,则:
(1)若Xm=Yn=Zk,则Zk-1={Z1,Z2,Z3,···,Zk-1}是Xm-1={X1,X2,X3,···,Xm-1}和Yn-1={Y1,Y2,Y3,···,Yn-1}的最长子序列
(2)若Xm!=Yn且Zk!=Xm,则Z是Xm-1和Y的最长公共子序列
(3)若Xm!=Yn且Zk!=Yn,则Z是X和Yn-1的最长公共子序列
有上述最优子结构性质,最长公共子序列问题的最优解c[i][j]可递归定义为:
当i=0或j=0,c[i][j]=0;
当i,j>0和Xi=Yj,c[i][j]=c[i-1][j-1]+1;
当i,j>0和Xi!=Yj,c[i][j]=max{c[i-1][j],c[i][j-1]}
数组b为:
【实现代码】
public class lcsProblem {
public static void main(String[] args) {
char []x={'A','C','T','C','C','T','A','G'};
char []y= {'C','A','T','T','C','A','G','C'};
int b[][]=new int[x.length+1][y.length+1];
int b1[][]=lcsLength(x.length+1,y.length+1,x, y, b);
lcs(b1.length-1,b1[0].length-1, x, b1);
}
static void lcs(int i,int j,char []x,int [][]b) {
if(i==0||j==0) return;
if(b[i][j]==1) {
lcs(i-1, j-1, x, b);
System.out.print(x[i-1]);
}
else if(b[i][j]==2)
lcs(i-1,j,x,b);
else
lcs(i, j-1, x, b);
}
static int[][] lcsLength(int m,int n,char []x,char []y,int [][]b) {
int c[][]=new int[m][n];
for(int i=0;i<m;i++) {
c[i][0]=0;
}
for(int i=0;i<n;i++)
c[0][i]=0;
for(int i=1;i<c.length;i++) {
for(int j=1;j<c[0].length;j++) {
if(x[i-1]==y[j-1]) {
c[i][j]=c[i-1][j-1]+1;
b[i][j]=1;
}else {
if(c[i-1][j]>=c[i][j-1]) {
c[i][j]=c[i-1][j];
b[i][j]=2;
}else {
c[i][j]=c[i][j-1];
b[i][j]=3;
}
}
}
}
return b;
}
}