Java用动态规划寻找最长公共子序列

【问题描述】

  A先生找到了其失散多年的兄弟。为了确定血缘关系，A先生决定做DNA鉴定。请比较两组基因，A先生基因片段为{A,C,T,C,C,T,A,G}，A先生兄弟基因片段为{C,A,T,T,C,A,G,C}，找出两人基因片段中最长相同的部分。

【解题思路】

采用动态规划解决这道题：
设Z={Z1,Z2,Z3,···,Zk}是两个序列X={X1,X2,X3,···,Xm}和Y={Y1,Y2,Y3,···,Yn}的最长公共子序列，则：
（1）若Xm=Yn=Zk，则Zk-1={Z1,Z2,Z3,···,Zk-1}是Xm-1={X1,X2,X3,···,Xm-1}和Yn-1={Y1,Y2,Y3,···,Yn-1}的最长子序列
（2）若Xm!=Yn且Zk!=Xm，则Z是Xm-1和Y的最长公共子序列
（3）若Xm!=Yn且Zk!=Yn，则Z是X和Yn-1的最长公共子序列
有上述最优子结构性质，最长公共子序列问题的最优解c[i][j]可递归定义为：
当i=0或j=0，c[i][j]=0；
当i,j>0和Xi=Yj，c[i][j]=c[i-1][j-1]+1；
当i,j>0和Xi!=Yj，c[i][j]=max{c[i-1][j],c[i][j-1]}

最后绘制出来数组C为：

数组b为：

【实现代码】

public class lcsProblem {
	public static void main(String[] args) {
		char []x={'A','C','T','C','C','T','A','G'};
		char []y= {'C','A','T','T','C','A','G','C'};
		int b[][]=new int[x.length+1][y.length+1];
		int b1[][]=lcsLength(x.length+1,y.length+1,x, y, b);
		lcs(b1.length-1,b1[0].length-1, x, b1);
	}
	static void lcs(int i,int j,char []x,int [][]b) {
		if(i==0||j==0) return;
		if(b[i][j]==1) {
			lcs(i-1, j-1, x, b);
			System.out.print(x[i-1]);
		}
		else if(b[i][j]==2)
			lcs(i-1,j,x,b);
		else
			lcs(i, j-1, x, b);
	}
	static int[][] lcsLength(int m,int n,char []x,char []y,int [][]b) {
		int c[][]=new int[m][n];
		for(int i=0;i<m;i++) {
			c[i][0]=0;
		}
		for(int i=0;i<n;i++)
			c[0][i]=0;
		for(int i=1;i<c.length;i++) {
			for(int j=1;j<c[0].length;j++) {
				if(x[i-1]==y[j-1]) {
					c[i][j]=c[i-1][j-1]+1;
					b[i][j]=1;
				}else {
					if(c[i-1][j]>=c[i][j-1]) {
						c[i][j]=c[i-1][j];
						b[i][j]=2;
					}else {
						c[i][j]=c[i][j-1];
						b[i][j]=3;
					}
				}
			}
		}
		return b;
	}
}