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(1)Assess whether there are differential expressions between two groups of each gene. (2)Use the Bonferroni method to correct for multiple comparisons in Problem (1). Which genes show statistically significant differential expression? (3)Use the FDR method to correct for multiple comparisons using an FDR = 0.05. Which genes show statistically significant differential expression?

我们已经看到R通过一些对象来运行，当然首先这些对象是用它们的名称 和内容来刻画的，其次也通过对象的数据类型即属性来刻画。本节我们主要通过学习对数据对象的基本操作来学习R的基本入门语法。

R是一种解释型语言，输入的命令可以直接被执行，不同于C等编译语言需要构成完整的程序才能运行。R的语法非常简单和直观。合法的R函数总是带有圆括号的形式，即使括号内没有内容（如，ls()）。所有函数后都接有圆括号以区别于对象（object）。 所有能使用的R函数都被包含在一个库(library) 中,该库存放在磁盘 的R HOME/library 目录下(R HOME 是最初安装R的地址)。这个目录下含有具有各种功能的包(packages)，各个包也是按照目录的方式组织起来的。其中名为base的包可以算是R的核心，因为它内嵌了R语言中所有像数据读写与操作这些最基本的函数。在上述目录中的每个包内，都有一个子目录R，这个目录里又都含有一个与此包同名的文件(例如在包base中，有这样一个文件R HOME/library/base/R/base)。该文件正是存放所有函数的地方。