基于pytorch深度学习框架的siRNA药物药效预测模型Task2#AI夏令营#Datawhale

最新推荐文章于 2024-10-03 14:54:57 发布
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文章标签： 深度学习 人工智能 pytorch
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#AI夏令营 #Datawhale #夏令营

赛题链接上海科学智能研究院 (sais.com.cn)

在task2阶段跟着datawhale的直播课与注释文件，深入理解了赛题，入门RNN和特征工程。

在datawhale给出的代码中，使用了lightgbm框架优化算法，最后得出的结果分数显著提高。

本人在学习过程中收获颇丰

qq_43054610
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基于pytorch深度学习框架的siRNA药物药效预测模型Task3#AI夏令营#Datawhale
qq_43054610的博客
08-03 360
跟着看完了Task3的教程并听取了优秀学习者的分享，自己尝试并结合ai重新改写代码，当时由于本人对深度学习ai这块的理解与锻炼有所欠缺，优化后的代码反而得分有略微倒退，但是还是在本次夏令营收获良多。#AI夏令营 #Datawhale #夏令营。
基于pytorch深度学习框架的siRNA药物药效预测模型Task1#AI夏令营#Datawhale
qq_43054610的博客
07-28 326
有幸参加了本次Datawhale的AI夏令营并第一次接触有关生物与ai结合的项目，根据教程步骤理解了代码的具体内容与模型参数含义与作用，化身调参侠，微调了learning rate，epoch，br等参数并多次训练测试模型。#AI夏令营 #Datawhale #夏令营。
#Datawhale AI 夏令营第三期—siRNA药物药效预测学习
2301_80270213的博客
07-26 2332
随着mRNA疫苗在新冠预防领域取得成功，核酸类药物的研发获得了越来越多的关注。本次比赛聚焦于通过机器学习技术，利用化学修饰后的siRNA序列来预测RNA干扰（RNAi）机制下对靶基因（target gene）的沉默效率，这一指标与药物实际疗效直接相关。RNAi是生物体内天然存在的一种基因表达调控机制，通过抑制靶基因的表达来实现降低目标蛋白量的目的，这一机制一般可通过siRNA实现。目前开源的数据库中，以RNA主干序列（裸序列）为主，缺少相应的化学修饰数据。
Datawhale AI夏令营——siRNA药物药效预测学习笔记
swordwielder的博客
08-03 1275
如处理生物问题，首先要分清当前是一个分类、回归或者生成问题，然后确定模型选择，接着考虑如何把数据处理到模型中，再从处理数据的过程中结合生物学知识构造特征，最后再用模型训练这些特征和预测结果，不断优化得到最优结果。
Datawhale AI 夏令营 siRNA药物药效预测 task01
xml121的博客
07-25 434
RNA干扰（RNAi）是生物细胞内天然存在的一种基因表达调控机制，可抵御外来核酸的入侵和控制基因表达。相比于传统小分子药物，siRNA具有可成药靶点多、药效强、安全性好、成本低的优势，其研发是全球范围内极具发展潜力的前沿医药领域之一。siRNA的化学修饰对siRNA在体内的稳定性、毒性、药代动力学特性至关重要，是siRNA研发中的重要影响因素，本赛题聚焦经过化学修饰的siRNA序列数据预测其对相应的信使RNA（mRNA）沉默效率指标，对指导siRNA药物设计具有重要指向性作用。
Datawhale AI 夏令营：siRNA药物药效预测----Task 2
2301_78848706的博客
07-31 1859
你在阅读每一页时，不仅仅是单独理解这一页的内容，还会记住前面的情节和信息。我昨天说要改算法，但我还没尝试，尝试了一下改数值大概能高个0.01分，感兴趣可以试试，我数值差不多都改了，记得数值应该是减小的，效果最好目前是到十九，等下再试试，写文没关GPU，不多说了，还是老话，别光尝试改数值，试试改算法。在数据观察的时候发现，siRNA_duplex_id的编码方式很有意思，其格式为AD-1810676.1，我们猜测AD是某个类别，后面的.1是版本，当中的可能是按照一定顺序的序列号，因此可以构造如下特征。
Datawhale AI 夏令营：siRNA药物药效预测----Task 3
2301_78848706的博客
08-03 1655
【今天是无情的搬运工，基本上是原文没有动内容，昨天试了一下改代码，尝试的lgm优化，一直在报错，主要问题就是用了循环，取平均又不好带入，预测好不容易改对了，结果带入模型又出错，这两天又在忙其他事情就导致很多算法没有尝试，挺遗憾的，加个目录，感兴趣可以自己查看试一下】
Datawhale 2024年AI 夏令营第三期的学习活动|#第二届世界科学智能大赛生命科学赛道：siRNA药物药效预测 ：Task1 Baseline精读
Awwwwwwer的博客
07-28 725
我是机械自动化专业的，对编程有点兴趣，平时很喜欢上网关注AI技术的发展。我也认识到AI技术快速发展正在深刻影响人们的生活。恰逢这次免费的活动，我很高兴参加了这次Datawhale AI夏令营并选择了生命科学赛道，能够通过一个具体的项目来充分体验AI技术的内核。在Task1，我主要学习了baseline环境的安装和对baseline的解读。下面介绍一下我的学习流程。打开比赛提供的基础代码，我看到了baseline所需要的一些前提配置。
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