实验室服务器使用指南

账号与工具准备

一、服务器账号

包括用户名、ip地址、密码、端口号

二、工具准备

有两种工具均可以实现服务器的使用
1.xshell（用于实施操作的linux系统）和xFtp（用于实现服务器内自己空间内的文件操作）

2.MobaXterm（集合了Xshell和XFtp的一款工具）
登录方法与第一种工具的类似，下面是下载地址
链接：https://pan.baidu.com/s/1E_kTAmB_Kpp2pPoQa6X3lA?pwd=bexi
提取码：bexi
三、登录服务器
xshell的使用：点击文件->新建，然后输入名称、主机、端口号，点击确定后根据提示输入用户名、密码即可。

登录成功后命令行会提示Connection established，如下图

XFtp以及MobaXterm的登录与之类似，具体的使用方法也很简单。
XFtp、MobaXterm中的文件操作系统均是为我们可视化操作文件提供便利，否则你需要纯使用命令行对文件进行操作，以及记忆文件都放在哪，操作难度很高。

conda的安装与使用

一、conda是什么？

服务器为我们提供gpu用于做代码中的数据处理等（包括我们的电脑也是这样的），由于在实现功能时会用到很多方法，而这些方法都被封装在某些模块（module）中，所以要用到某些方法，我们需要先安装这些模块。
但是我们在研究不同的方向时，需要用到的模块集合往往是不同的，比如在做生信研究时，希望把所有用于生信研究的模块放在环境（environment）例如BIbase中；在做图形研究时，希望把所有用于图形研究的模块放在环境PICbase中，等等…此外，使用服务器时，我们可以创建一个属于自己的环境mybase，因为默认用的是所有用户都能访问的环境base，这样可能会造成互相干扰
基于上面的问题，提出了conda的概念

二、conda的安装

见文章：Linux安装miniconda

三、conda使用

1.查看当前系统中的conda环境有哪些

conda info --env

发现有三个，名字分别为mybase、base、r-3.6.1，后面的是这个环境的安装路径（很重要）。
①其中根目录是usr的表示放在总的目录下（如base，这是我们服务器里面自带的，装的包也很全），即大家都可以访问，那么我们自然不希望它作为自己的环境。
②根目录是home表示在自己专属的空间内，我们希望自己的环境在home下（如mybase，不过一开始你自己的空间内应该什么都没有）。
③base环境后面有一个 * 标志，说明这个是默认环境（后面会解释）

2.创建自己的环境

下面提供一些方法
①下面的代码表示在指定的路径，创建名为mybase，python版本为3.6.2的虚拟环境

conda create --prefix="/home/shengjh21/.conda/envs/mybase" python=3.6.3

由于是新创建的环境，所以里面什么包也没有

②复制已有的环境
举例一：
复制指定路径的环境到自己的空间(默认都是在自己的空间)
如将位置/usr/local/anaconda3的环境复制到新建的环境mybase中

conda create -n mybase --clone /usr/local/anaconda3

举例二：
也可以直接用环境名进行复制
如将base环境复制到mybase中

conda create -n mybase --clone base

3.进入自己的环境

输入

source activate

进入默认的环境，即前文提到的查看环境中，带*的那个环境

在我们的命令行前面出现了（base），说明接下来的操作都是在base环境里面进行的，如果想进入某个特定的环境
首先退出当前环境

source deactivate	 #或conda deactivate

进入特定的环境

source activate mybase

4.module的安装

在使用conda install xxx时，一定要先进入对应的环境（如mybase），这样可以使模块安装在对的环境里

pycharm连接远程服务器conda环境

引言：我们的pycharm默认是使用电脑自身的gpu，同时也是使用电脑中某个环境（即settings里面的python Interpreter），现在希望pycharm连接远程服务器conda环境，需要有两个步骤

1.连接远程服务器

2.连接服务器conda环境

参加这篇文章：pycharm远程连接服务器完整教程