Sunny.T-CSDN博客

原创变分自编码AVE器生成图像(Pytorch)

导入必要的包import osimport torchimport torch.nn as nnimport torch.nn.functional as Fimport torchvisionfrom torchvision import transformsfrom torchvision.utils import save_imageimport matplotlib.pyplot as pltimport matplotlib.image as mpimg# 设备配置# t

2021-11-27 16:11:46 890

原创 TensorboardX（pytorch）

用tensorboardX可视化神经网络# 用tensorboardX可视化神经网络import torchimport torch.nn as nnimport torch.nn.functional as Fimport torchvisionfrom tensorboardX import SummaryWriter# 构建神经网络class Net(nn.Module): def __init__(self): super(Net, self).__init

2021-11-24 13:42:34 778

原创 Pytorch中多种优化器比较

1.导入需要的模块import torchimport torch.utils.data as Dataimport torch.nn.functional as Fimport matplotlib.pyplot as plt# 超参数LR = 0.01BATCH_SIZE = 32EPOCH = 122.生成数据# 生成训练数据# torch.unsqueeze() 的作用是将一维变二维，torch只能处理二维的数据x = torch.unsqueeze(torch.lins

2021-11-24 13:34:58 517

原创对比numpy与Tensor(及Antograd)实现机器学习

使用numpy实现机器学习# 使用numpy实现机器学习import numpy as np# %matplotlib inline #在jupyter中可使用，但在pycharm中用不上from matplotlib import pyplot as pltnp.random.seed(100)x = np.linspace(-1, 1, 100).reshape(100, 1)y = 3*np.power(x, 2) + 2 + 0.2*np.random.rand(x.size).r

2021-11-24 13:32:24 960

原创 plt.plot()，plt.scatter()，plt.legend函数的用法介绍

plt.plot()函数plt.plot(x, y, format_string, **kwargs)参数说明xX轴数据，列表或数组，可选yY轴数据，列表或数组format_string控制曲线的格式字符串，可选**kwargs第二组或更多(x,y,format_string)，可画多条曲线format_string 由颜色字符、风格字符、标记字符组成颜色字符'b' 蓝色 'm' 洋红色 magenta'g' 绿色 'y' 黄色'

2021-11-24 13:27:54 38246 1

原创 3种激活函数

激活函数在人工神经网络的神经元上运行的函数，负责将神经元的输入映射到输出端。使用激活函数的原因若没有激活函数，每一层输出都是上层输入的线性函数，无论神经网络有多少层，输出都是输入的线性组合，这种情况就是最原始的感知机。若有激活函数，那么激活函数给神经元引入了非线性因素，使得神经网络可以任意逼近任何非线性函数，这样神经网络就可以应用到众多的非线性模型中。常用的激活函数Sigmoid函数是一个在生物学中常见的S型函数，也称为S型生长曲线。在信息科学中，由于其单增以及反函数单增等性质，Sig

2021-11-24 13:20:48 403

原创《IDSSIM：基于改进的疾病语义相似度方法的lncRNA功能相似度计算模型》论文梳理

引用：Fan W, Shang J, Li F, Sun Y, Yuan S, Liu JX. IDSSIM: an lncRNAfunctional similarity calculation model based on an improved diseasesemantic similarity method. BMC Bioinformatics. 2020 Jul 31;21(1):339. 在一种改进的疾病语义相似度计算方法的基础上，提出了一种LncRNA功能相似度计算模型IDS.

2021-03-30 19:42:09 1890

原创点互信息（PMI）和正点互信息（PPMI）

PMI的定义PMI（Pointwise Mutual Information）点互信息：这一指标用来衡量两个事物之间的相关性。如下：在概率论中，如果x和y无关，p(x,y)=p(x)p(y)；如果x和y越相关，p(x,y)和p(x)p(y)的比就越大。从后两个条件概率可能更好解释，在y出现的条件下x出现的概率除以单看x出现的概率，这个值越大表示x和y越相关。log来自于信息论的理论，而且 log 1 = 0 ，也恰恰表明P(x,y) =P(x)P(y)，相关性为0，而且log是单调递增函数，所

2021-03-19 16:29:48 7144 1

原创重启随机游走(RWR)算法

RWR介绍Random Walk with Restart(RWR)RWR是最早提出的一种用于图像分割的算法。它迭代地探索网络的整体结构，以估计两个节点之间的接近度(亲和力分数)。从一个节点开始，步行者在每一步都面临两个选择:要么移动到随机选择的邻居，要么跳回到开始节点。该算法只包含一个固定参数r，称为“重启概率”(1−r表示移动到邻居的概率)。在迭代达到稳定后，稳定概率向量包含了网络中所有节点与起始节点的亲和力评分。这个稳定的概率向量可以看作是起始节点对网络施加的“有影响力的影响”。除了

2021-03-19 15:34:13 12670 6

原创随机游走(Random Walk)算法

随机游走英文：random walk定义：随机游走，概念接近于布朗运动，是布朗运动的理想数学状态。核心概念：任何无规则行走者所带的守恒量都各自对应着一个扩散运输定律。随机游走过程一维的随机游走可定义如下：每过一个单位时间，游走者从数轴位置x出发以固定概率随机向左或向右移动一个单位.不妨将n时刻游走者的位置记为Ln,则有其中X1,X2,…,Xn为相互独立的随机变量，满足最经典的一维随机游走问题有赌徒输光问题和酒鬼失足问题。（1）赌徒在赌场赌博，赢的概率是p，输

2021-03-09 16:07:53 69324 11

原创《利用RWR算法和正点互信息集成多种异构信息源预测lncRNA与疾病的相关性》论文梳理

《利用RWR算法和正点状互信息集成多种异构信息源预测lncRNA与疾病的相关性》（论文梳理）引用： Fan, X. N., et al. (2019). “Prediction of lncRNA-diseaseassociations by integrating diverse heterogeneous information sourceswith RWR algorithm and positive pointwise mutual information.” BMCBioinforma

2021-03-08 15:10:56 1556

原创 R语言软件安装教程

安装R和Rstuido软件R语言是用于统计分析，图形表示和报告的编程语言和软件环境；Rstudio是编辑、运行R语言的最为理想的工具之一。1、官网下载R安装包下载地址为：https://cran.r-project.org 进入链接，如下图所示，在页面顶部提供了三个下载链接，分别对应三种操作系统：Windows、Mac和Linux。请选择自己操作系统对应的链接，接下来我将以windows为例给大家展示安装过程。接下来单击【Download R for Windows】——>【base】—

2020-11-24 17:05:43 31189 3

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