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R语言
谁曾经不是菜鸟啦
认识到菜是解决菜的第一步
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R包:Pophelper 作堆积柱状图
Pophelper(V 2.3.0)堆积柱状图的R包1安装安装pophelper库。源代码可以从GitHub获得。R(>= 3.5.0)。需要依赖包:install.packages(c("devtools","ggplot2","gridExtra","gtable","label.switching","tidyr"),dependencies=T)## 然后安装pophelperinstall.packages('pophelper')加载和检查# load libraryl原创 2020-09-16 20:30:06 · 4884 阅读 · 3 评论 -
qgg包-续2-大数据集教程
qgg包-续2-大数据集教程目录qgg包-续2-大数据集教程使用1000基因组项目数据的教程下载1000 基因组数据准备qgg的基因型数据摸拟数据计算基因组关系矩阵(GRM)使用GRMlist(适用于大数据)的示例使用GRM(适用于小数据)的示例REML分析和交叉验证单标记关联和基因集富集分析使用UK生物库表型数据为qgg准备表型数据使用英国生物库数据指南准备qgg的基因型数据REML分析单标记分析利用高斯-塞德尔求解线性混合模型基因集合富集分析使用1000基因组项目数据的教程遗传数据来自公开可获得的翻译 2020-08-27 17:03:07 · 910 阅读 · 1 评论 -
qgg包(续)-小数据教程-数据分析
小数据教程-数据分析使用GBLUP和交叉验证进行预测使用GFBLUP和交叉验证进行预测基因集富集分析一、使用GBLUP和交叉验证进行预测这里,我们将展示如何使用qgg中的greml函数执行基因组最佳线性无偏预测(GBLUP)分析和交叉验证。这包括在训练集中使用限制最大似然估计(REML)估计方差成分,在验证集中使用GBLUP进行预测。这将在果蝇遗传参考面板(DGRP)中可用的“抗饥饿”表型和基因型数据中得到说明。要执行GBLUP分析,以下输入数据是必不可少的。y: vector of phen翻译 2020-08-26 21:07:04 · 1786 阅读 · 1 评论 -
使用SNP数据计算IBD、PCA、系统树鉴别亲缘关系
分析步骤,有可能有错误,希望指正小故事数据预处理计算IBD计算pca系统发育树计算SNP分布情况。后记小故事接到的小任务,对于大佬们来说可能不难,对于新手,却是要抓破脑袋。两个养殖户的牛群跑到一个山头,牛群混了,有一头小牛不知道是谁家的,都坚称是自己的。他们自己掏钱找公司分别测序了两头母牛和小牛,数据送到导师手里。数据预处理1.得到的fastq文件,首先去除质量低的位点(QC)。软件:NGSQCToolkit2.序列比对,sentieon生成sort.bam,sambamba建立索引。软件:原创 2020-08-17 14:26:51 · 10445 阅读 · 6 评论 -
R语言:qgg包
qgg包:一款大规模数量遗传和基因组分析的R包一、概述该包基于:假设基因组特征可能会富集影响性状的因果变体。根据以往的研究和不同的信息来源,可以分成几种基因组特征,如基因、染色体或生物途径。原文:http://psoerensen.github.io/qgg/1、核心功能拟合线性混合模型构建基因组关系矩阵估计遗传参数(遗传性和相关性)基因预测单标记关联分析基因集合富集分析2、qgg利用以下处理大规模数据使用openMP的多核处理在BLAS库(如OpenBLAS、ATLAS或M翻译 2020-07-30 22:13:03 · 1680 阅读 · 0 评论