在centos 7上安装wrf_hydro

前言

本篇文章主要介绍如何在centos 7上安装wrf_hydro，并且安装完成后使用官网所给数据进行测试运行。

安装所需

1. 系统： 一台纯净的centos 7环境
2. 软件安装包：zlib-1.2.13，hdf5-1.13.2，mpich-4.0.2，netcdf-c-4.9.0，netcdf-fortran-4.6.0，wrf_hydro_nwm_public-5.2.0
3. 模型运行测试数据
4. 软件安装包以及测试数据下载地址：https://pan.baidu.com/s/1Qzgsrv4IRq8v63Ru-Qvc5g?pwd=siro

安装前准备工作

1. 检查gcc编译器

 [root@VM-0-12-centos ~]# which gcc
/usr/bin/gcc

2. 检查g++编译器

[root@VM-0-12-centos ~]# which g++
/usr/bin/g++

3. 检查gfortran编译器

[root@VM-0-12-centos ~]# which gfortran
/usr/bin/gfortran

4. 若系统内未安装以上所需的编译器可使用如下命令进行安装

安装之前可先更新yum：

yum update

更新完成后再进行安装所需的编译器

yum install gcc
yum install gcc-c++
yum install gcc-gfortran

完成编译器安装后再次进行更新yum：

yum update

安装依赖库及wrf_hydro

1. 安装之前先编辑环境变量

可使用如下命令添加当前用户的环境变量：

vim ~/.bashrc

在 ~/.bashrc 环境变量文件内的最后一行添加下如下环境变量

#zlib_env
export INCLUDE=/home/wrfhydro/zlib/include:$INCLUDE
export LD_LIBRARY_PATH=/home/wrfhydro/zlib/lib:$LD_LIBRARY_PATH

#mpich_env
export PATH=/home/wrfhydro/mpich/bin:$PATH
export INCLUDE=/home/wrfhydro/mpich/include:$INCLUDE
export LD_LIBRARY_PATH=/home/wrfhydro/mpich/lib:$LD_LIBRARY_PATH

#hdf5_env
export PATH=/home/wrfhydro/hdf5/bin:$PATH
export INCLUDE=/home/wrfhydro/hdf5/include:$INCLUDE
export LD_LIBRARY_PATH=/home/wrfhydro/hdf5/lib:$LD_LIBRARY_PATH

#netcdf_env
export PATH=/home/wrfhydro/netcdf/bin:$PATH
export INCLUDE=/home/wrfhydro/netcdf/include:$INCLUDE
export LD_LIBRARY_PATH=/home/wrfhydro/netcdf/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export NETCDF=/home/wrfhydro/netcdf

添加完成环境变量后需要使用source命令，source命令通常用于重新执行刚修改的初始化文件，使之立即生效，而不必注销并重新登录。因为linux所有的操作都会变成文件的格式存在。

#更新~/.bashrc文件
source ~/.bashrc

2. 安装zlib-1.2.13

tar zxvf zlib-1.2.13.tar.gz
cd zxvf zlib-1.2.13
./configure --prefix=/home/wrfhydro/zlib
make
make install

3. 安装hdf5-1.13.2

tar zxvf hdf5-1.13.2.tar.gz
cd hdf5-1.13.2
./configure --prefix=/home/wrfhydro/hdf5 --with-zlib=/home/wrfhydro/zlib --enable-fortran --enable-cxx
make
make install

4. 安装mpich-4.0.2

tar zxvf mpich-4.0.2.tar.gz
cd mpich-4.0.2
./configure --prefix=/home/wrfhydro/mpich
make
make install

5. 安装netcdf-c-4.9.0

tar zxvf netcdf-c-4.9.0.tar.gz
cd netcdf-c-4.9.0
CPPFLAGS="-I/home/wrfhydro/zlib/include -I/home/wrfhydro/hdf5/include" LDFLAGS="-L/home/wrfhydro/zlib/lib -L/home/wrfhydro/hdf5/lib" ./configure --prefix=/home/wrfhydro/netcdf  --disable-dap --enable-netcdf-4 --enable-netcdf4 --enable-shared
make
make install

6. 安装netcdf-fortran-4.6.0

tar zxvf netcdf-fortran-4.6.0.tar.gz
cd netcdf-fortran-4.6.0
CPPFLAGS="-I/home/wrfhydro/netcdf/include" LDFLAGS="-L/home/wrfhydro/netcdf/lib" ./configure --prefix=/home/wrfhydro/netcdf
make
make install

7. 安装wrf_hydro_nwm_public-5.2.0

tar zxfv wrf_hydro_nwm_public-5.2.0.tar.gz
cd wrf_hydro_nwm_public-5.2.0
cd trunk/NDHMS/template/
vim setEnvar.sh

修改该文件内容与如下内容相同：

#!/bin/bash

# WRF-Hydro compile time options

# This is a WRF environment variable. Always set to 1=On for compiling WRF-Hydro.
export WRF_HYDRO=1

# Enhanced diagnostic output for debugging: 0=Off, 1=On.
export HYDRO_D=0

# Spatially distributed parameters for NoahMP: 0=Off, 1=On.
export SPATIAL_SOIL=1

# RAPID model: 0=Off, 1=On.
export WRF_HYDRO_RAPID=0

# WCOSS file units: 0=Off, 1=On.
export NCEP_WCOSS=0

# NWM output metadata: 0=Off, 1=On.
export NWM_META=0

# Streamflow nudging: 0=Off, 1=On.
export WRF_HYDRO_NUDGING=0

#Large netcdf file support: 0=Off,1=On.
export WRFIO_NCD_LARGE_FILE_SUPPORT=1

切换至模型的NDHMS目录内

cd /home/wrfhydro/wrf_hydro_nwm_public-5.2.0/trunk/NDHMS/
./configure

此处输入 2 选择gfrot编译器

2

开始执行编译脚本

./compile_offline_NoahMP.sh template/setEnvar.sh

出现下列语句即为编译成功

*****************************************************************
Make was successful
*****************************************************************

导入测试数据进行测试运行

测试方法可查阅官方文档：
该文档源文件已在本文上方的下载地址内

注意事项：
直接使用mpirun -np 2 ./wrf_hydro.exe命令出现Permission denied的错误：

[root@VM-0-12-centos test]# mpirun -np 2 ./wrf_hydro.exe 
[proxy:0:0@VM-0-12-centos] HYDU_create_process (utils/launch/launch.c:73): execvp error on file ./wrf_hydro.exe (Permission denied)
[proxy:0:0@VM-0-12-centos] HYDU_create_process (utils/launch/launch.c:73): execvp error on file ./wrf_hydro.exe (Permission denied)

解决方案：
打开软件sftp连接上服务器后找到wrf_hydro.exe文件，并更改该文件权限：

完成修改后继续运行该命令mpirun -np 2 ./wrf_hydro.exe

若模型运行成功输入如下命令即可看见The model finished successfully的提示：

[root@VM-0-12-centos Gridded]# tail -1 diag_hydro.00000
 The model finished successfully.......

下一章节即将展示计算结果文件的导出与可视化。