pipeline——（1）

te_pipeline_搭建——（1）

一、下载annotation

• refGene.txt：下载链接
• rmsk.txt：下载链接
• chrNameLength.txt：在生成的index文件夹中有！

二、export_saf_file

1.参数说明——sample

Rscript export_saf_file.r 
-g /share2/pub/yangjy/yangjy/database/hg38_refGene.txt #参考基因注释文件
-r /share2/pub/yangjy/yangjy/database/hg38_rmsk.txt #rmsk文件的路径
-l /share2/pub/yangjy/yangjy/database/STAR_index69/chrNameLength.txt #染色体长度文件的路径
-n hg38 #输出数据name
-m chrM #线粒体染色体
-p 10 #线程数

2. test

cd /share2/pub/yangjy/yangjy/softs/TE_expression_in_scRNAseq/scripts/
/share2/pub/yangjy/yangjy/conda3/envs/qapa/bin/Rscript /share2/pub/yangjy/yangjy/softs/TE_expression_in_scRNAseq/scripts/export_saf_files.r -g /share2/pub/yangjy/yangjy/database/hg38_refGene.txt -r /share2/pub/yangjy/yangjy/database/hg38_rmsk.txt -l /share2/pub/yangjy/yangjy/database/STAR_index69/chrNameLength.txt -n /share2/pub/yangjy/yangjy/rna-seq-data/GSE146887/assembl/protemp/hg38 -m chrM -p 10

3. 结果

三、process_assemble_teanscription

1. 参数说明

/share2/pub/yangjy/yangjy/conda3/envs/qapa/bin/Rscript /share2/pub/yangjy/yangjy/softs/TE_expression_in_scRNAseq/scripts/processing_assembled_transcripts.r \
-f /share2/pub/yangjy/yangjy/rna-seq-data/GSE146887/assembl/merged_stringtie/assembly.gtf \#组装的gtf路径，TACO的输出之一
-g /share2/pub/yangjy/yangjy/rna-seq-data/GSE146887/assembl/protemp/hg38_pc_exon.saf \#mRNA外显子saf文件的路径，explore_saf生成
-a /share2/pub/yangjy/yangjy/rna-seq-data/GSE146887/assembl/protemp/hg38_nc_exon.saf \#ncRNA外显子saf文件路径
-m /share2/pub/yangjy/yangjy/rna-seq-data/GSE146887/assembl/protemp/hg38_chrM.saf \#chrM saf文件路径
-r /share2/pub/yangjy/yangjy/rna-seq-data/GSE146887/assembl/protemp/hg38_te.saf \#TE saf文件路径
-n /share2/pub/yangjy/yangjy/rna-seq-data/GSE146887/assembl/protemp/result/hg38 \#输出文件name
-p 10 #线程数

2. test

/share2/pub/yangjy/yangjy/conda3/envs/qapa/bin/Rscript /share2/pub/yangjy/yangjy/softs/TE_expression_in_scRNAseq/scripts/processing_assembled_transcripts.r -f /share2/pub/yangjy/yangjy/rna-seq-data/GSE146887/assembl/merged_stringtie/assembly.gtf -g /share2/pub/yangjy/yangjy/rna-seq-data/GSE146887/assembl/protemp/hg38_pc_exon.saf -a /share2/pub/yangjy/yangjy/rna-seq-data/GSE146887/assembl/protemp/hg38_nc_exon.saf -m /share2/pub/yangjy/yangjy/rna-seq-data/GSE146887/assembl/protemp/hg38_chrM.saf -r /share2/pub/yangjy/yangjy/rna-seq-data/GSE146887/assembl/protemp/hg38_te.saf -n /share2/pub/yangjy/yangjy/rna-seq-data/GSE146887/assembl/result/hg38 -p 10

3. result

注

提前把需要安装的package安装好了，在装package的过程中出现了很多奇奇怪怪的问题，发现自己眼睛难道是摆设，多次出现了一个命令行，但是只看下面的错误，没有care这一行，所以耗费了两个小时最终解决了一个error！无语子。什么错呢，来看看哈！

人家都用红色标出来了，但是我只看最后几行！
是的，没错，因为今天早上服务器的fat节点进不去（别人不知道进不进得去，反正我的从大概九点半以后就进不去fat01节点了），我的所有任务都在管理节点运行的，前几天刚因为这个问题查过（程序被无端kill），又不记得了，就是因为节点的内存不够了。刚刚又查了红字部分，茅塞顿开，立马ssh fat01，然后install.packages()，所有的正常！！