AlphaFold安装——非docker镜像（3）

AlphaFold安装——非docker镜像（3）

前两天更新的文章已经是安装的全过程了，但是当时我运行后有出现了一些问题。好巧不巧，最近两天医院附近有了确诊病例，所以没法去实验室，都在宿舍居家学习，昨天和今天一直在调代码，遇到问题解决问题——最高效的学习方法，当然不止在装这个，还在看文献，学习，毕竟过了这个学期就是研二，课题该定个大致的思路了。前几天个小导师去健身的路上还在说这个问题，她希望这三年内一个学生可以出两篇文章，我觉得这算得上是合情合理。
一个假期时间，感觉自己想明白很多事情，什么年纪就该做好什么年纪该做的事情。任何事情都急不得，人生来就是克服困难的，哪有那么多一路顺风，否极泰来！现实生活中最多的是万事开头难，中间难，结尾依旧难！所以坦然面对生活中的问题和困难吧，该属于你的总会得到，面包和牛奶通过自己的努力和付出都会得到！
这个学期来实验室以后，大胆和导师沟通，有问题不过夜，尽量做到当日事当日毕，作息也变得规律，生活充实了很多，亲眼看着自己一步步变好：因为要八点前打卡，所以不得已每天早上六点五十起床，七点二十五左右出门去实验室，打卡逼我早睡早起，而且还按时吃早餐！现在每天中午会抽出一个小时时间运动，无论是去健身房还是在实验室楼道“黑人走路”，已经坚持很久了。运动完快乐高效一个下午加晚上，晚上九点半以后回宿舍收拾就休息，很喜欢也很享受这种生活。看着自己一步步变好，真好！
言归正传！出现error了，解决error！

Error 1. flag --use_gpu_relax=None: Flag --use_gpu_relax must have a value other than None.

command

bash run_alphafold.sh -d /share/pub/zhaohq/project/pumch/alphafold/version1/source/databases/ -o /share2/pub/yangjy/yangjy/softs/alphafold/result/query -f /share2/pub/yangjy/yangjy/softs/alphafold/example/query.fasta -t 2020-05-14

result

FATAL Flags parsing error: flag --use_gpu_relax=None: Flag --use_gpu_relax must have a value other than None. Pass --helpshort or --helpfull to see help on flags.

我看了我的.sh和run_alphafold.py两个文件的代码，还求助了GitHub上的大佬。deepmind回复我说要把optional parameter中的–use_gpu_relax设置为true或者false，我直接在脚本中改了，use_gpu_relax=True，大概在这个位置：

这个改完，还有新的error！在下面！

Error 2. 显示我的jaxlib版本不对

我当时没记录,大概就就是我的jaxlib的version==0.1.69，但是需要的version要>=0.1.72，好像是这样的，后面的0.1.72对不对我不记得了，但是前面一定是>=，然后就按照他的要求重新pip一下：
pip install --upgrade jax jaxlib>=0.1.72+cuda111 -f https://storage.googleapis.com/jax-releases/jax_releases.html
这样就可以了！
不过还有疑问（question不断！）

后面出bug了，我remove了原来的环境，重新装了envs，好巧的复现！

Warning 3. Unable to initialize backend ‘tpu_driver’: NOT_FOUND: Unable to find driver in registry given worker: 2022-03-11 11:35:11.

UserWarning: Flag --use_gpu_relax has a non-None default value; therefore, mark_flag_as_required will pass even if flag is not specified in the command line! warnings.warn( I0311 11:35:09.811530 140075759966016 templates.py:857] 
Using precomputed obsolete pdbs /share/pub/zhaohq/project/pumch/alphafold/version1/source/databases//pdb_mmcif/obsolete.dat. I0311 11:35:10.234684 140075759966016 xla_bridge.py:247] 
Unable to initialize backend 'tpu_driver': NOT_FOUND: Unable to find driver in registry given worker: 2022-03-11 11:35:11.258894: E external/org_tensorflow/tensorflow/stream_executor/cuda/cuda_driver.cc:271] 
failed call to cuInit: CUDA_ERROR_NO_DEVICE: no CUDA-capable device is detected I0311 11:35:11.259597 140075759966016 xla_bridge.py:247] 
Unable to initialize backend 'gpu': FAILED_PRECONDITION: No visible GPU devices. I0311 11:35:11.260360 140075759966016 xla_bridge.py:247] 
Unable to initialize backend 'tpu': INVALID_ARGUMENT: TpuPlatform is not available. W0311 11:35:11.260569 140075759966016 xla_bridge.py:252] 
No GPU/TPU found, falling back to CPU. (Set TF_CPP_MIN_LOG_LEVEL=0 and rerun for more info.) I0311 11:35:15.515949 140075759966016 run_alphafold.py:397]
Have 5 models: ['model_1', 'model_2', 'model_3', 'model_4', 'model_5'] I0311 11:35:15.516198 140075759966016 run_alphafold.py:414] Using random seed 1114105159714920706 for the data pipeline I0311 11:35:15.516445 140075759966016 run_alphafold.py:163]
Predicting query

这个问题只是显示我没有GPU，但是我的确已经在服务器的gpu节点running了，所以出现这个warning，我还是有很多疑问的，所以又舔着脸去deepmind上留言提问了，不过author一直没给我reply。虽然用CPU程序也可以正常运行，但是时间效率太低了，一直以来我都是能用GPU就用GPU，能多线程跑数据坚决不单线程的，太慢了。但是能运行了就没再计较，毕竟之前用docker装，出现各种让我看不懂的error，我现在明白，有error不可怕，可怕的是出现的error看不懂。
不过巧了，昨天在宿舍办公，下午吃完晚饭想和舍友溜出去消食，但是我当时的task没有提交到节点运行，我一走没有网，我跑的数据就全泡汤了，写好了任务提交节点的脚本，但是在GPU节点提交不上，找服务器师兄，他在群里给我也给大家说以后提交task不用写那么复杂的脚本了，正好，结果用他给的command，好像的确用到GPU了，因为今天看到昨天的error中没有之前的warning了！咱也不知道为啥，能解决而一个是一个吧！

Error 4. Could not load dynamic library ‘libcusolver.so.11’; dlerror: libcusolver.so.11: cannot open shared object file: No such file or directory

解决方案：
去自己创建的alphafold环境的lib目录下，把libcusolver的package名改一下：

 cd /share2/pub/yangjy/yangjy/conda3/envs/alphafold/lib
 cp libcusolver.so.10 libcusolver.so.11

Warning 5.INVALID_ARGUMENT: TpuPlatform is not available.

I0311 17:44:23.457948 139633313998656 xla_bridge.py:247] Unable to initialize backend 'tpu_driver': NOT_FOUND: Unable to find driver in registry given worker:
I0311 17:44:23.646468 139633313998656 xla_bridge.py:247] Unable to initialize backend 'tpu': INVALID_ARGUMENT: TpuPlatform is not available.

这个不用care！！TPU我目前还没涉及到，不知道有什么用，但是在这里肯定是可有可无的，所以不要care这个warning！

目前就这些error了，当然我希望不要再有error了，但是谁又知道呢？我希望他再别有了，我真被这个搞无语了！886，看文献去了！