Gate学习3——Materials(材料)

一、Gate材料库——The Gate materials database

        在Gate中定义材料属性的主要方法是通过材料数据库(GateMaterials.db)。该文件包含Gate从Geant4数据集分配核属性所需的所有信息，用户可以轻松修改该文件。OpenGate协作在这个文件中提供了相当广泛的材料列表，在这一部分中我们会了解到修改数据库的详细操作步骤。

      还有另一种定义材料的方法，Gate脚本是从Geant4 c++数据类开发的，目的是简化和标准化Geant4的输入。因此，还可以使用Geant4工具在c++中直接编写和编译材料定义。以这种方式指定材料超出了本文档的范围。对于那些有兴趣直接访问Geant4材料的同学，应参考Geant4 User’s Guide: For Application Developers和Geant4 User’s Guide: For Toolkit Developers以获得更详细的信息。

       材料数据库包含两种结构，元素和材料，用于定义原子、分子和化合物的物理属性。与Geant4不同，Gate不使用同位素丰度。这一遗漏对Gate的应用几乎没有影响，因为同位素丰度在低到中能量光子和带电粒子的相互作用中不重要。事实上，这种区别只对与中子或高能(>5 MeV)光子或带电粒子相互作用的物质很重要。

       我们可以使用多个材料数据库，如果一个材料在多个材料数据库中有定义，Gate会将该材料保存在最后一个调用的数据库中(并发出警告消息)。

        调用数据库:

/gate/geometry/setMaterialDatabase MyMaterialDatabase.db

1、元素

       元素是Gate模拟中使用的所有材料的构建基础，Gate中的元素被定义为元素周期表中的元素。Gate存储元素的名称、符号、原子序数和摩尔质量，如上所述，同位素丰度没有被使用。所提供的文件GateMaterials.db包含了最常用的元素和它们在自然界中发现的摩尔质量。

Hydrogen:   S= H   ; Z=  1. ; A=   1.01  g/mole
Helium:     S= He  ; Z=  2. ; A=   4.003 g/mole
Lithium:    S= Li  ; Z=  3. ; A=   6.941 g/mole
Lithium6:   S= Li6 ; Z=  3. ; A=   6.015 g/mole
Lithium7:   S= Li7 ; Z=  3. ; A=   7.016 g/mole
Beryllium:  S= Be  ; Z=  4. ; A=   9.012 g/mole

       有些元素，特别是那些同位素具有较大的中子吸收截面的元素，其同位素丰度和摩尔质量因来源而异。表现出这种行为的一种元素是硼。实际上，这种行为对于Gate应用程序并不重要。

2、材料

       在Gate中，材料被定义为元素的组合，并且是Gate在模拟过程中所用粒子相互作用的一个重要参数。而且这些元素的组合需要定义四个额外的参数：物质的名称、密度、组成元素和它们各自的丰度。

Tungsten: d=19.3 g/cm3 ; n=1 ; state=solid
        +el: name=auto       ; n=1

Lead: d=11.4 g/cm3 ; n=1 ; state=solid
        +el: name=auto       ; n=1

       材料中元素的组成可以用两种不同的方式来定义。如果材料是一种化合物，那么它的元素的相对数量是由化合物的化学式中的原子数确定的。例如，甲烷CH4被定义为有一个碳原子和四个氢原子。如果将材料描述为一种混合物，如304-不锈钢，则元素的相对组合以质量分数给出。304不锈钢的质量分数分别为:0.695 Iron, 0.190 Chromium, 0.095 Nickel, 0.020 Manganese。注意，各元素的质量分数总和必须为1。

       材料的密度在不同的来源之间往往有很大的差异，必须仔细地选择，以适应特定的应用。密度的单位也必须定义。一般用g/cm3表示，但在极端情况下可以用其他的单位表示。例如，真空的密度可以用mg/cm3的单位示。

二、修改Gate材料库——Modifying the Gate material database

1、新建元素

        定义新元素是一个简单而直接的过程，只需使用选择的文本编辑器打开GateMaterials .db文件。在文件的顶部是名为[Elements]的内容，在文件中间的某处是另一个名为[Materials]的内容。应用程序所需的所有元素定义必须包含在这两部分之中。输入元素的格式由元素名称、符号、原子序数和摩尔质量给出。下面是一个例子：

Element Example GateMaterials.db:

[Elements]
Hydrogen:   S= H   ; Z=  1. ; A=   1.01  g/mole
Helium:     S= He  ; Z=  2. ; A=   4.003 g/mole
Lithium:    S= Li  ; Z=  3. ; A=   6.941 g/mole
Beryllium:  S= Be  ; Z=  4. ; A=   9.012 g/mole
Boron:      S= B   ; Z=  5. ; A=  10.811 g/mole
Carbon:     S= C   ; Z=  6. ; A=  12.01  g/mole

        在本例中，首先给出元素的名称，然后是冒号。接下来，元素的标准符号是S=符号名后跟分号。原子序数和摩尔质量的符号名称是Z=原子序数，用分号隔开；摩尔质量单位是A =  g/mol(摩尔质量单位)。 

2、新建材料

        材料的定义方式与元素类似，但包含一些额外的参数，以说明其密度和组成。定义密度很简单，所有材料的定义方法都是一样的。然而，材料组合需要不同的定义，取决于它们的形式。这些组成形式是纯物质、化合物和元素的混合物。

        要在材料数据库中添加或修改材料，应该使用文本编辑器打开GateMaterials .db文件。新条目应该插入到名为Materials的标题下面。应用程序所需的所有实质性定义必须包含在第二个标题下。材料定义需要几行。第一行指定它们的名称、密度、组件数量和描述材料状态(固体、液体或气体)的可选参数。第二行和接下来的行指定了构成这种物质的各个成分及其相对丰度。

       Gate使用的材料的组成形式有纯物质、化合物、元素混合物和材料混合物。Gate对每种情况的定义略有不同，下面将分别对每种情况进行处理。在每种情况下，在材料定义中使用的元素必须事先定义为元素Elements。

（1）元素做材料

         由纯元素构成的物质是最容易定义的物质。在第一行中，输入材料的名称(材料的名称可以与元素的名称相同)、密度、组成成分的数量(在本例中为1)，以及可选的状态(固体、液体或气体)，默认状态为气态。在第二行输入组成它的元素和该元素的原子数(在元素作为材料的情况下，这个数字是1)。例如：

Elements as materials example GateMaterials.db:

[Materials]
Vacuum: d=0.000001 mg/cm3 ; n=1
       +el: name=Hydrogen ; n=1
Aluminium: d=1.350 g/cm3 ; n=1 ; state=solid
       +el: name=auto ; n=1
Uranium: d=18.90 g/cm3 ; n=1 ; state=solid
       +el: name=auto ; n=1

        在第一行中，密度(带单位)由d=材料密度定义，材料中成分的数量n=元素的数量。材料状态state=气体、液体和固体。在第二行，单个元素及其丰度定义：  +el: name=元素名称；n =原子数量。如果元素名和材料名相同，则可以使用+el: name=auto命令来定义。

（2）化合物做材料

        化合物是根据组成它们的元素和它们的化学式来定义的。第一行与纯物质的第一行相同，只是n变为了组成元素种类的数目。在第二行和随后的行上，单个元素及其丰度由+el定义:name=元素名称;*n=原子数*。

Compounds as materials example GateMaterials.db:

[Materials]
NaI: d=3.67 g/cm3; n=2;  state=solid
       +el: name=Sodium ; n=1
       +el: name=Iodine ; n=1

PWO: d=8.28 g/cm3; n=3 ; state=Solid
       +el: name=Lead; n=1
       +el: name=Tungsten; n=1
       +el: name=Oxygen; n=4

（3）混合物做材料

        元素混合物是指将元素构成的纯材料混合起来形成新的物质。这个定义的第一行与化合物定义的第一行完全相同。在第二行和随后的行，单个元素及其质量分数定义为+el: name=元素名称;  f=质量分数。

        在材料混合物的情况下，质量分数的总和应该是一。例如：

Mixtures as materials example GateMaterials.db:

[Materials]
Lung:  d=0.26 g/cm3 ; n=9
       +el: name=Hydrogen  ; f=0.103
       +el: name=Carbon    ; f=0.105
       +el: name=Nitrogen  ; f=0.031
       +el: name=Oxygen    ; f=0.749
       +el: name=Sodium    ; f=0.002
       +el: name=Phosphor  ; f=0.002
       +el: name=Sulfur    ; f=0.003
       +el: name=Chlorine  ; f=0.003
       +el: name=Potassium ; f=0.002

SS304:  d=7.92 g/cm3 ; n=4 ; state=solid
       +el: name=Iron      ; f=0.695
       +el: name=Chromium  ; f=0.190
       +el: name=Nickel    ; f=0.095
       +el: name=Manganese ; f=0.020

（4）材料的混合用来做材料 

          另一种定义材料的方法是其他材料和元素组成的纯材料的混合物。作为一个例子:

Mixtures of mixtures as materials example GateMaterials.db:

[Materials]
Aerogel:  d=0.200 g/cm3 ; n=3
        +mat: name=SiO2     ; f=0.625
        +mat: name=Water    ; f=0.374
        +el:  name=Carbon   ; f=0.001

       在这个例子中，气凝胶材料被定义为由两种材料，二氧化硅和水，以及一种元素，碳组成。当指定是材料而不是元素时，必须使用+mat: name=标识符。

三、电离势能——Ionization potential

        电离势能是把一个电子移到一个原子或分子上所需要的能量。在默认情况下，电离势是根据布拉格加法法则计算的。可以确定栅极中定义的每种材料的电离势。例如

/gate/geometry/setIonisationPotential Water 75 eV